隋朝大业十三年（617年），裴仁基与监军御史萧怀静不和，萧怀静搜集过失想要弹劾裴仁基，裴仁基率先杀掉萧怀静，随后率部以虎牢关投降瓦岗寨。秦琼跟随裴仁基投奔瓦岗后，李密知道后非常高兴，任命秦琼担任帐内骠骑，待遇十分优厚。第二年，李密担忧腹背受敌，接受越王杨侗的册封。不久，魏公李密与宇文化及于黎阳大战。魏公李密于激战中被流矢击中坠马昏厥过去，李密的部将惊慌失措，全部四处逃窜，这时追兵赶到，秦琼拼死守护李密，护送李密脱离险境[5]。随后秦琼收拢逃跑的瓦岗军，又与宇文化及展开激战，这才彻底击退宇文化及的军队。
