1938年初，刘峙在保定兵败后溜回开封。当时舆论对刘峙很不利，特别是宋美龄、陈诚都向蒋介石进言，力主枪毙刘峙。宋之所以恨刘，是因为西安事变时，宋在洛阳当面要刘峙不要发兵攻西安，刘指责宋系妇人之见，宋乃借此机会报复。 这时，刘峙的靠山何应钦也不敢在蒋介石面前替刘说话，刘的处境似乎很危险。但是，蒋介石想借刀杀人，就将这一问题请冯玉祥决定。 冯向蒋说：刘经扶在保定的一切措施都是请示过你的，现把责任一概推到刘身上，恐将士不服。 蒋说：将在外君命有所不受，难道他身为大将，独当一面，不知选择适合时机的处置吗？ 冯又说：假使中原大战时，刘经扶不一切向你请示，你又将何以置之？平时你既养成他一切请示于你的习惯，刘系庸才，国人皆知，杀与不杀由你决定，但杀了并不能掩饰失败之责。 结果，蒋介石只好以“撤职查办”四字处置刘峙，并派专机去开封接刘往南京。刘之幕僚都主张他不能去，可刘心中有数，毫不犹豫登机前往，并于下机后即往谒蒋。 刘峙倾听蒋的责备后，把失败责任完全推到他当时的参谋长刘德芳身上。刘说他事先指示刘德芳预拟失败后如何撤退的计划，刘德芳没有执行，以致战事失利后，在日机狂炸下，通信联络中断，部队失去指挥。 蒋得悉此情后，又下一手令交何应钦：“刘德芳永不录用”。 何应钦在执行蒋介石的手令中，只对“撤职”二字作了一些文章，“查办”并没有变军法执行。同时，何还密令刘峙担任陆军第一区督练公署长官，负责组训八个师，以便刘尔后再起。 刘峙由南京回开封后，对他的新职务秘而不宣，以至于他的部下见刘垮台，均各自找寻出路。这事刘峙认为很伤心，说这些都是没有气节的人，所以后来这些人再找刘要工作，刘一概不理。 刘德芳虽被处以永不录用之罪，但刘峙始终觉得内心有愧，以后经常以中将总参议名义安置刘德芳，只是不向铨叙厅报案。 不久，蒋介石又给刘峙以第一战区副司令长官名义，但在报上未予发表，各方面知道的人很少。刘峙也并没有到第一战区长官部去办公，只是就第一区陆军督练公署的基础，改为第一战区副长官部，机关改迁洛阳。 刘峙这么做，表面上是准备将来在豫西抗日，实际是暂时避免担负指挥抗战的责任。同时，开封经常受日机轰炸，洛阳西营营房内由祝绍周筑有能容数千人的坚固防空洞，故刘坚决向何应钦要求迁驻洛阳。 后来，郑州失守，第一战区长官部迁洛阳。刘峙感到日军已向他迫近，非常害怕，就亲自飞往重庆见何应钦、蒋介石，结果调刘为鄂湘川黔边区主任兼第五预备军司令长官。刘峙把这一消息电告洛阳，部下都欣喜若狂。 这里面还有个小插曲。蒋介石的手令是委刘为鄂湘川黔边区绥靖主任，陈诚却把绥靖二字划去。刘一去就向蒋力争，蒋乃加委刘为第五预备军司令长官，刘得到长官名义，这才觉得满意。 刘峙在宜昌的所谓第五预备军司令长官的任务，又是编练和准备在鄂西抗日。可事实上，刘峙对掌握实力既感兴趣，又不感兴趣。 当时，他在洛阳所练的八个师，能够作战的只有河南保安团改编的第九十军（彭进之任军长）。部下都主张刘无论如何要抓住这个军，但何应钦在重庆问刘峙是到底愿意在洛阳、还是迁宜昌时，刘明知迁宜昌九十军是不能带走的，还是选择了愿迁宜昌。结果，胡宗南马上电蒋，派李文去洛阳接替九十军军长，并把刘峙所练的八个师一齐吞并。 事后，刘一方面认为丢掉部队可惜；一方面又向下属说：自己所以是蒋的忠实信徒，就是因为自己不拥兵自重，所以得蒋的信任。刘峙还经常骂那些在蒋介石下面组织小派系的人，说自己什么派也不参加，仅仅是一个真正的蒋派。 可谁都知道，刘峙是何应钦派，有事总是先电话向何请示，再采取措施；每次去见蒋介石前，也必先见何应钦。 刘峙在宜昌外围并没有做一点国防工事，在宜昌训练的新军也没有一点作战能力。而且，除由宜昌师管区补充因临时改编的严啸虎师还掌握在刘手中外，其余都调走了。因此，武汉失守后，刘峙非常恐慌。 武汉撤退很混乱，十万余川军西撤宜昌，高级军官大半弃部先逃，蒋介石令刘峙负责收容，并在荆沙之线组织抵抗。蒋并电告刘，拟在宜昌设立第六战区司令长官部，询刘是否愿担任长官。 刘峙被日军打怕了，哪里敢接受，与高级幕僚会商终日，结果还是去电谢绝；并建议五战区长官部驻宜昌，自己仍向后退，请求将鄂湘川黔边区公署迁黔江县。 后来，日军并未立即向宜昌前进，陈诚又抢去了第六战区司令长官名义，刘峙深深表示后悔，责备幕僚误了他的事。 1938年12月，刘峙又去重庆跑官，因为他怕驻到黔江后，会受到鄂西陈诚刁难。 蒋介石派刘峙为重庆卫戍司令长官，可陈诚这次又把长官二字划去，成了“卫戍司令”。刘峙很不满，经何应钦挽回，又在“司令”二字前加一“总”字。 此后，刘的部下对这一“总”字非常重视，当时老百姓简称“卫戍部”如果被刘的部下听到，必定会挨揍，他们自己简称是“卫戍总部”。 安安稳稳地待在大后方重庆，刘峙这下总算感觉安全了。
