1948年12月6日，陈果夫和家人登上了赴台的“中兴轮”，他早年就患有肺结核，一直没有好利索，在台期间，心情郁闷的陈果夫经常咳血。 蒋介石到台之后，开始总结失败的教训，当然失败的责任肯定不能由他来承担，所以必定要找人来担当。1950年3月，蒋复职“总统”之后，第一个拿行政院开刀，阎锡山这个“行政院长”自然也就引咎辞职了。 随后蒋开始指定亲信研究改造方案，实际上就是想对“二陈”（陈果夫、陈立夫）动手。在这期间，新任“行政院长”陈诚在不同会议场合对CC系发难，认为失败的一部分责任就该由陈氏兄弟来负。 1950年7月中旬，蒋介石下令免去陈果夫财务委员会主任的职务，裁撤由陈果夫任董事长的“合作金库”与“农民银行”两个办事机构；同年7月21日，蒋约见国民党全体中常委谈话，点名批评了“二陈”。 7月26日，蒋又宣布“改造委员”与“评议委员”名单，陈立夫榜上无名，陈果夫也仅是挂名“评议委员”。之后，蒋的动作越来越快，8月初，他又改组原由陈果夫任董事长的农业教育电影公司，由蒋经国接办，至此陈氏兄弟在台再也没有什么职务了。 当时的陈果夫已病重躺在床上无法动弹，陈立夫则决定带着家人赴美国躲风头，1950年8月，陈立夫全家乘飞机飞赴美国，开始了另一种全新的生活。临行前，陈立夫与妻子儿女去看望哥哥陈果夫，向他告别，陈果夫心里非常明白形势已不适应他们兄弟了，弟弟远走是明智的选择，他表示支持。 陈立夫走后，陈果夫的身体是每况如下，他的肺病已十分严重，肺早已溃烂，只有在后背穿孔，每天从穿孔处排脓。吃药打针是需要不少的费用，可陈果夫除了固定的薪水外，没有什么额外收入。在陈立夫走后，陈果夫的家庭经济发生了危机。治疗肺结核，需要巨额医疗费，既无财产，也没有以前的地位，医疗费都是靠朋友支持，因而用度日窘。 怎样才能解决目前的燃眉之急呢？陈果夫思前想后，只好放下架子，给当时台“交通银行”行长赵棣华写信，索取自己作为兼职的车马费。 陈果夫在信中写道：来台后，我身体一直不好，看病用去了我多年的积蓄，如今入不敷出，捉襟见肘，实在是狼狈得很。我兼职农民银行董事长多年，给我的车马费不曾领过分文。以前用车方便，我也没打算领取这笔费用。现今生活难以为继，我想请农民银行将我以前没领的车马费补发给我，解决我有车无油窘境。您以为如何。 赵棣华接到信后，也很为难，他不敢自作主张，想来想去还是将陈立夫的窘况报告了蒋介石，让蒋来决定如何处理。蒋介石与“二陈”兄弟毕竟有多年的交情，加上蒋只是想让“二陈”交出权力，并不想置其于死地，生活上还是应该给予照顾。 于是蒋批给陈果夫一笔钱作为医疗费。另外又特批了一笔费用，作为其日常的生活补助。有了这笔钱和每月额外的生活补助，陈果夫才解脱了经济危机。 1950年9月，陈果夫病情加重，咳血不止，用什么药都没有多大作用。一直延续了一个多月，病情才被控制住。10月27日是他58岁的生日，蒋介石和蒋经国父子俩专程前往医院看诊。蒋氏父子的到来，使陈果夫大出意外。 蒋介石关心地说:“果夫，我一直都很忙，没来看你。你目前身体恢复得怎样，是用西医还是用中医治疗?” 陈果夫回答:“医生说，目前先西药，等症状控制住时，再用中药补身体。”站在一旁的主治医生向蒋报告陈果夫的病情。 蒋介石“嗯”了一声，便嘱咐道:“果夫啊，你安心养病吧，其他的事情就不去想了。经济上有什么问题，你直接告诉我。”蒋氏父子坐了十几分钟，便离开了医院。 1951年1月，为治病方便，陈果夫从台中移到台北，住在青田街的一幢公寓里。到了6月，炎热的天气让他元气又大损，几度出现虚脱，到了8月已无法起床。1951年8月25日，陈果夫病逝，年59岁。 陈果夫在台备受指责和打击，但是死后却是极尽哀荣，陈诚、蒋经国、张道藩等37人组成了治丧委员会。蒋介石也先后两次去吊唁，他对随从人员说：“果夫还年轻，他不应该这么早就走了啊！”回到办公室，蒋提笔写下了“痛失元良”几个大字，作为挽额，派人送到了殡仪馆。 但是陈立夫却没有回来参加哥哥的葬礼，多年后他回忆说：“家兄逝世了，当时接到总裁来电，报告噩耗，言词间暗示不必回来。”
