1937年9月，面对日军进攻，刘峙惊慌失措，率官兵沿平汉线大溃败，逃到石家庄后，他将兵权移交商震、黄绍竑后，灰溜溜地回到开封，被讥为“长腿将军”。 刘峙对此次战败，自然痛心疾首，但对他人议论毫不在意，他以“胜负乃兵家常事”和“平生第一次打败仗”向手下聊以自慰。回到开封后，刘峙无精打采地继续在豫皖一带指挥作战。刘峙在保定的惨败，使蒋介石对他的指挥作战能力产生怀疑，成为他军事生涯的转折点。 1937年10月，日军逼近黄河，刘峙奉命由开封撤退到南阳。1938年2月，刘峙改任第一战区副司令长官兼新兵督练公署主任，移驻洛阳，负责指挥豫西北军事，阻止日军渡河。然而不久，蒋介石又对刘峙产生不满，以刘峙所在的河南战事由豫东蔓延到豫西、节节失利为由，调任他为鄂湘川黔边区绥靖公署主任兼第5预备军司令长官，镇守宜昌。 从丢失保定到调离宜昌这一年多时间里，刘峙再也没有“福星高照”，而是像一只泄了气的皮球，被蒋介石踢来踢去。刘峙自然感到蒋介石态度的转变，他后来回忆这段经历时说：“保定战败后，由洛阳到宜昌，这一年多时间，我任人摆布，备受欺凌，但总是以忍让为先，当人们对我谈起东征西讨的战绩时，我便谢其雅意。” 刘峙自然不承认自己无能，只是对自己的处境无可奈何，借此发泄一下罢了。10月，武汉陷落，宜昌吃紧，蒋介石调陈诚兼任第六战区司令长官，驻节恩施，使得宜昌的刘峙没有了容身之地。 1939年，刘峙奉命改任重庆卫戍总司令兼防空司令。刘峙在重庆大后方期间，以为这里可以太平无事，因而放松警惕，以致酿成1941年的重庆防空洞惨案。 1941年6月5日，刘峙随军政部长何应钦和副总参谋长白崇禧到郊外视察国防工事未返，下午6时，日本飞机突然飞入重庆上空，三五架一批，对重庆进行轮番轰炸。 当时，防空司令部在校场口挖了一个特大的防空洞，可容纳几千人。但防空洞只有两个进出口，里面没有通风设备。当第一、第二批日机轰炸后，人们纷纷从洞中出来透气，不料第三批日机接踵而来，人们又急忙返回洞里。由于入洞是楼梯式的，当时楼梯两边坐满了人，返回的人又都慌里慌张，一不小心就会被坐在楼梯两旁的人绊倒，前边的人一倒，后边的一拥踏上，洞口很快被堵死了。 洞口被堵死后，洞中很快没了空气，结果1200多人闷死洞中，这就是震惊一时的“六五”惨案。然而更令人发指的是，惨案发生后，防空司令部下属担架营奉命去抢救伤员，搬运尸体。但这些担架队员，置伤员性命于不顾，只顾搜索抢夺死者身上的财物。当时洞中很多人处于假死状态，如果加以抢救，尚能活命。可担架兵为了搜敛财物，即使遇到没死的，也顺手将他们掐死。 为了把士兵们搜敛的财物都纳入自己腰包，刘峙的太太命令刘峙的部下，当时负责指挥搬尸的卫戍总司令部交通处长姜吟冰和交通科长刘吉龙，对所有担架员进行搜身，然后将搜来的财物用小汽车送到刘峙家中，分三次才运完。 该惨案曝光后，舆论大哗，谴责声震天动地，一时间刘峙成为了过街老鼠，人人喊打。为了平息众怒，军事委员会组成以吴铁城、何成浚主持的特别军事法庭对该案进行审理，刘峙听候审讯的时候十分难堪。何应钦、钱大钧听闻此事后，急忙给吴铁城打电话说：“刘峙是二级上将，请你们不要乱来。”加上刘峙给吴、何二人送去大批礼物，这才渡过难关。 事后，刘峙仅防空司令一职被撤。1945年2月，刘峙接替李宗仁出任第五战区司令长官，蒋介石特地加派有“标准参谋”之称的郭寄峤任副司令长官，给刘峙做副手。但刘峙在上任两个月后就丢了老河口。8月，日本宣布无条件投降，刘峙在抗战中的败绩就此结束。 抗战胜利后，第五战区司令部改称“郑州绥靖公署”，蒋介石命刘峙改任该绥靖公署主任，辖河南、陕西两省，指挥原第一、第五战区的部队和新收编的孙殿英、张岚峰等部，势力大增。 然而，刘峙却感到压力颇大，因为第一战区司令长官胡宗南，尽管曾经是刘峙的学生和旧属，但其声望早已超过了刘峙，刘峙不肯就任，向蒋介石请求说：“在寿山（胡宗南字寿山）的头上，硬加一顶褪了色的旧帽子，实在没有必要。纵然寿山一向很尊敬我，但我觉得如芒刺背。” 在蒋介石的坚持下，刘峙不得不走马上任。但上任不久，他就迎来了一个又一个的惨败。解放军刘邓大军趁河南空虚，突然渡过黄河，直奔中原，刘峙得知后急忙回师考城进行拦截。9月6日，国民党军行至鲁西砖庙附近，第3师赵锡田部战线超前，结果被刘邓大军包围，全军覆没。 远在庐山的蒋介石闻知败讯，勃然大怒，立即将刘峙所任各职全部撤销，调为总统府战略顾问。所谓“总统府战略顾问”，实际是为不得志或闲置的国民党军事高官设置的，刘峙自知该职有名无实，在硬着头皮狼狈飞往南京、接受蒋介石严厉训斥之后，遂带着三姨太黄佩芬回到上海，在迪化路公馆里过起了悠闲的寓公生活。 对此，刘峙牢骚满腹，暗地里逢人便讲：“孙总理是天下为公，委员长是天下为私。”
