法律分析:

你方发票已抵扣，单位没有义务替对方公司补交税款。你单位可以拒绝的，不服申请复议。

法律依据:

《中华人民共和国税收征收管理法》第二十二条增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制;其他发票，按照国务院税务主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。

未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票。