经用人单位和当事人双方协商，通过微信发工资合法。电子数据是合法的证据类型，在劳动争议产生是可以通过微信作为证据，但需要腾讯公司配合，同时缺乏明确的认证规则和专门的电子证据鉴定机构。支付方式不是有没有逃税的判断标准，按照规定企业的经济业务往来，是需要通过银行转账的方式进行，这样便于监管，但是企业在实际操作中，如果确实有特殊情况，需要现金交易或者支付宝交易，也是可以的，留存好相关的原始凭证，并有合理的解释支付的工资也按照规定如实申报，所以就算是微信转账发工资，也可以是合法的。

法律依据：《中华人民共和国劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。