法律分析：如果协议离婚冷静期过后仍有争议，当事人可以向法院起诉。法院会依据相关法律规定进行判决。

法律依据：

1.《中华人民共和国婚姻法》第三十四条：离婚协议应当经过审议确认，并在离婚登记前送达民政部门备案。

2.《中华人民共和国民事诉讼法》第一百零五条：当事人对协议离婚的内容有争议，可以向人民法院提起诉讼。

3.《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十四条：人民法院审理离婚案件，应当依法查明事实，适用法律，公正裁判。

当事人在协议离婚冷静期过后发现仍有争议时，可以向法院起诉。法院将会依据相关法律规定进行审理，并根据事实和法律规定进行判决。