有土地使用证建房可以算违建。土地使用证只能赋予土地的使用权利，建房需要相关部门的审批。在有土地使用证的基础上，修建的房屋通过当地人民政府的审批，符合法定程序，即不属于违建。

法律依据：

《中华人民共和国城乡规划法》

第四十一条在乡、村庄规划区内使用原有宅基地进行农村村民住宅建设的规划管理办法，由省、自治区、直辖市制定。

第六十五条在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。