商铺使用权40年到期后应该根据当时的地价水平补缴土地出让金，再次申请土地使用权。商业用地全国统一执行的土地使用年限为40年，届满时可以提前一年提出续期申请。【法律依据】《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十二条土地使用权出让最高年限按下列用途确定：1、居住用地70年；2、工业用地50年；3、教育、科技、文化、卫生、体育用地年限为50年；4、商业、旅游、娱乐用地40年；5、仓储用地50年；6、综合或者其他用地50年。《城市房地产管理法》第二十一条土地使用权出让合同约定的年限届满，土地使用者需要继续使用的，应当至迟于届满前一年申请续期，除根据社会公共利益需要收回该幅土地的，应当予以批准。续期的，应重新签订土地使用权出让合同，依照规定支付土地使用权出让金。