施工备案合同一共需要6份，一般不需要区分正副本(如果一定要分的话，正本只要两份，建设方与施工方各执一份，其他的均为副本)。需要存档的单位有建设方、施工方、监理、档案管、税务(开发票时提供)、建设主管部门(施工报备)。当建设工程合同内容不一致时，以正本为准。如果没有分正副本的话，应参照招标文件、合同通用条款、专用条款、以及相关的补充协议进行协商。如协商不成，可向法院起诉，由法院判决。

一、关于在建工程转让的限制问题

1、在建工程是否被司法查封。如果在建工程已经遭到司法查封，则是禁止转让的。只有依法解除了司法查封，才可以进行转让。

2、在建工程是否已经支付了全部土地使用权出让金，并取得土地使用权证书。根据法律规定，如果不符合这一条件，也是不可以转让的。需注意的是，取得了土地使用权证书，乃至取得的商品房预售许可证，在事实上也不一定就支付了全部土地使用权出让金，因为有时地方政府对企业会采取一些变通做法，因此一定要审查土地使用金的缴纳单据或由房管部门出具已经支付全部土地使用权出让金的证明。

3、在建工程的抵押情况。除非受让人代为清偿债务消灭抵押权，已经设定抵押的在建工程，未经抵押权人同意，不得转让抵押财产。

4、在建工程的施工情况。建设工程施工合同是就建设工程的进场施工到最后竣工业主与施工方关于权利义务的规定，在建工程是建设工程施工合同的标的，业主与施工方都对该在建工程拥有一定的权利，在业主拖欠巨额工程款的前提下，即使工程竣工，施工方就工程款还有六个月的优先受偿期。因此在建工程的转让应当经过施工方的同意方可进行。

5、在建工程是否取得合法手续。不仅是土地出让金的缴纳，在建工程的其他方面的合法手续也应具备，例如施工许可证等。因为项目转让后这些手续均要进行依法变更，因此，在建工程取得合法手续也是在建工程可以转让的前提条件。

6、关于已经取得预售许可证并部分预售的在建工程转让是否需要预购人同意的问题。在建工程的转让并不需要预购人同意，只是原房地产开发企业在项目转让合同签订后10日内有通知义务。对于受让人来说，必须认识到自己受让在建工程后，如原预购人不愿解除原预售合同的话，自己则有继续履行的义务；因此，应充分了解原预售合同的内容、预付款的收付情况等，并在建设工程转让合同中设定发生原预购人不同意解除原预售合同的处理措施，

二、怎么预防工程合同的风险

1、严格审查发包人资质等级及履约信用

项目经理在项目跟踪阶段和资格预审阶段，就应该对发包人主体资格及履约信用进行调查，将不合格的主体排斥在合同的大门之外，避免企业为该项目进行不必要的投入，给企业带来不必要的损失。

2、了解通用条款和专用条款的相互关系

目前签订的国内建设工程施工合同，普遍采用《建设工程施工合同》示范文本。签订合同前仔细阅读和准确理解“通用条款”十分重要，因为这一部分内容不仅注明合同用语的确切含义，引导合同双方如何签订“专用条款”，更重要的是当“专用条款”中某一条款未作特别约定时，“通用条款”中的对应条款自动成为合同双方一致同意的合同约定。项目经理还应注意当专用条款与通用条款约定不一致时，专用条款的解释顺序优先。