离婚时，如果两个孩子都愿意跟随妈妈，但是父母双方不能达成一致的意见时，有异议的一方可以向人民法院提起诉讼，请求法院判决决定未成年子女抚养权的归属。法院在判决未成年子女抚养权的归属时，通常会考虑子女与父母之间的亲情关系；父母的个人情况、经济能力以及子女意见等多种因素。同时，民法典还规定了对于八周岁以上的未成年人子女抚养权的归属，法院是会考虑该名未成年子女的个人意见的。因此，如果在离婚时，两个孩子都愿意跟随妈妈，同时他们已经年满八周岁，这时候存在异议一方应当及时收集证据，证明对方不适宜直接抚养子女，以及自己更具能力抚养未成年子女。因为法院还是会综合多方面的因素，而不只是看未成年子女的意见，从最有利于未成年子女健康成长的原则出发，判决子女的归属权。

法律依据：《中华人民共和国民法典》

第一千零七十六条夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。

第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。