一、公租房拆迁,该跟哪一方签协议依据国有土地上房屋征收与补偿条例的规定，房屋拆迁补偿协议是由房屋征收部门与被征收人签订的。相关法律规定《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。第二十六条房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。

二、公租房拆迁补偿款标准

(1)所有人选择产权调换的，承租人由所有人负责安置。所有人补偿款的计算公式为：货币补偿金额=(市场单价+价格补贴x被拆除房屋的建筑面积。

(2)所有人选择货币补偿的，原有租赁关系终止。给所有人补偿款不设最低补偿单价标准，也无价格补贴。计算公式为：货币补偿金额=评估单价x20%x被拆除房屋的建筑面积承租人补偿款的计算公式为：货币补偿金额=(市场单价x80%+价格补贴)x被拆除房屋的建筑面积。公租房拆迁补偿的三种补偿方式第一：公租房承租人按照房改政策购买承租房屋，以被拆迁人身份获得补偿。第二：被拆迁人以异地安置公房承租人的方式，与公房承租人解除原来的租赁关系(实物补偿)。第三：被拆迁人以协议方式收购公房承租人的公房使用权(货币补偿)。在日常生活中最后一种补偿方式是最为常见的。