律师分析:

如果分公司和总公司之间是独立核算的，可以相互开发票，但开发票的时候，要注意按市场公允价格来计算劳务、商品的价值，不能按自己的需要来计算，这交关联交易。如果关联交易与市场交易相差太多，税务机关有权按市场交易来调整。至于所得税的汇算清缴，如果在分公司和总公司之间独立核算的情况下，可以分开汇算，但分公司和总公司之间的关联交易是税务机关的调整重点。如果相互之间不是独立核算的，而且又是在同一个区域内(县、区以下的行政区域)，或者经税务机关审批同意汇总缴纳的，可以汇总来汇算企业所得税，但总、分公司之间的交易，一般不得开发票，如果属于跨区域调拨货物等增值税视同销售行为，才能开发票

【法律依据】:

《中华人民共和国发票管理办法》

第十九条销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。

第二十条所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。

《中华人民共和国公司法》第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。