企业员工的个人所得税是由企业代扣代缴的。具体的扣缴方法如下：

1.工资发放：企业在向员工发放工资时，需要按照个人所得税的税前工资额进行扣除。税前工资额通常是企业与员工签订的劳动合同中约定的工资额，有时也包括一些福利和补贴。

2.企业代扣：企业在发放工资时，需要按照国家规定的税率和速算扣除数，将员工的税前工资额换算成应纳税所得额。然后，企业根据换算后的应纳税所得额，按照个人所得税法的规定计算应缴纳的个人所得税。

3.扣缴申报：企业在每个月的工资发放结束后，需要在规定的时间内，通过税务局提供的扣缴客户端或者相关税务网站，对员工的个人所得税进行申报和扣缴。申报时，企业需要提供员工的基本信息（包括姓名、身份证号、月工资等），以及员工当月的应纳税所得额。

4.缴纳税款：企业在完成个人所得税的申报和扣缴后，需要按照国家规定的期限和方式，向税务局缴纳税款。税务局会将企业缴纳的税款与员工的个人所得税进行核对，确保税款的准确性。

个人所得税的计算方法会根据年度内的收入情况、扣除项目等因素发生变化。企业在计算和扣缴个人所得税时，需要遵循国家相关法律法规的要求，确保税款的准确扣缴。该内容由陈德文律师和微办案共创回答