法律分析：在刑事诉讼中，公诉人作为起诉机关，有权对被告人提出质疑和指控。被告人应当在法庭上就相关指控进行辩护和申辩。法院在审理时应当充分听取双方的意见和证据，依法作出裁决。

法律依据：

1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十六条：“公诉人在公开法庭上，对被告人提出的质疑和指控，被告人应当就相关事实进行申辩和辩护。”

2.《中华人民共和国刑法》第四十九条：“被告人有权申辩，且申辩的内容应当予以考虑。”

在处理公诉人对被告人的质疑时，应当重视听取双方当事人的陈述和证据，认真审查案件材料和relevantlegalprovisions，依法作出公正裁决。