购房合同中发生纠纷一般有三种处理方式：自行协商、向房管部门投诉以及司法诉讼。需要根据纠纷发生的原因去具体选择。通常情况下，除了涉嫌诈骗等犯罪行为，受害者向公安机关提出报案、控告的情况，其余民事纠纷都可以通过自行协商的方式处理，双方通过口头协商达成一致意见后，签署书面的协议约定处理方案，按照协商好的处理方案履行即可。如果是房地产中介机构、开发企业售房过程中存在违法违规行为的，可以向其主管行政机关投诉，行政机关依据职权会进行相应的调查，对中介、开发企业决定是否给于行政处罚的同时，也可以居中调解。同时，权利收到侵害，遭受损失的一方有权向法院提起诉讼，通过民事诉讼的方式取得法院的裁判支持，之后可以通过申请强制执行的方式维护自己的合法权益。《中华人民共和国民法总则》第一百八十七条民事主体因同一行为应当承担民事责任、行政责任和刑事责任的，承担行政责任或者刑事责任不影响承担民事责任民事主体的财产不足以支付的，优先用于承担民事责任。《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。