蝙蝠有眼睛。为了在夜里或者黑暗的洞穴中能有效地工作，眼睛非常小，不同种类的蝙蝠视力各有不同，蝙蝠使用超声波与它们的视力没有必然联系。蝙蝠分辨声音的本领很高，耳内具有生物波定位的结构，通过发射生物波并根据其反射的回音辨别物体。

蝙蝠飞行的时候由口和鼻发出一种人类听不到的生物波，遇到昆虫后会反弹回来。耳朵接收后就会知道猎物的具体位置，从而前往捕捉，能听到的声音频率可达300千赫，而人类的一般在14千赫以下。蝙蝠全身骨质轻，头骨愈合程度较高，肩带发达，胸骨具龙骨状突起。后肢胫骨、腓骨退化。耳壳发达，常具发达的耳屏或对耳屏。翼膜、耳、唇等处有丰富的感觉毛。颜色多样，大多是褐色、灰色和黑色。