公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担。在公诉刑事案件中，举证责任分配的一般规则是由公诉方承担举证责任，被告人不承担举证责任。在审判中，公诉方要向法庭提供充分的证据证明其指控的犯罪事实，而且其证明要达到法定的标准。而在自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担，这是谁主张，谁举证原则的体现。《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十一条02公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担，自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担。

《刑事诉讼法》第五十一条公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担，自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担。第四十一条辩护人认为在侦查、审查起诉期间公安机关、人民检察院收集的证明犯罪嫌疑人、被告人无罪或者罪轻的证据材料未提交的，有权申请人民检察院、人民法院调取。