法律分析：根据物权法的规定，不动产物权应当依据不动产登记簿的内容确定，不动产权属证书只是权利人享有不动产物权的证明。也就是说，，土地使用权人的认定依据是土地登记簿。

因此，如果行政机关只注销的土地证，但并未注销土地登记的，那么土地使用权人不会发生改变，土地使用权人还是土地登记档案中记载的权利人。

如果土地使用权人以土地登记簿的信息签订了土地转让合同的，转让合同应认定为有效。

法律依据：《中华人民共和国农村土地承包法》第十三条农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会发包经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组发包。村集体经济组织或者村民委员会发包的，不得改变村内各集体经济组织农民集体所有的土地的所有权。