药物研究院院长是正厅级别。中国科学院上海药物研究所是中科院下属的二级部门，属于正厅级别建制，所以中国科学院上海药物研究所所长是正厅级别。
药物研究院成立于2010年1月19日，是中国药科大学为构建药物研发创新链，集聚学校新药研发资源而形成的综合性新药研发技术大平台。药物科学研究院的组织构架为，天然药物活性组分与药效国家重点实验室，及七个中心实验室。分别是新药研究中心、新药筛选中心、新药安全评价研究中心、高端药物制剂与材料研究中心、分析测试中心、江苏省药物代谢动力学重点实验室和药物质量与安全预警教育部重点实验室。