行政命令可以说作为行政权的一种表现形式，具有较强的科处义务特征的行政命令，对于行政主体及时、有效地处理不断增加的行政管理实务，应对瞬息万变的社会发展，具有极其重要的意义。但是，行政命令也有其局限性。行政命令一旦作出，便为行政相对方设定了一定的义务，无论该行政命令是否合法或适当，行政相对方往往都必须依行政命令而为一定的行为或不为一定的行为，否则将引起行政处罚或行政强制后果。

环境行政命令和环境行政处罚的区别

司法实践中环境行政命令和环境行政处罚混淆的原因在于对二者的区分标准缺乏清晰认识。

1.制度归属

德国、日本和我国台湾地区等大陆法系的国家和地区的行政决定有基础性与保障性之分。基础性决定以实现法定的权利和义务为目标，在配置行政资源、实现行政目的和构建行政秩序等方面具有基础意义，此类行政决定包括命令性、确认性和形成性三种形式。

保障性决定的具体形式包括行政处罚和行政强制，以违反基础性行为决定为前提。保障性行政决定通过直接或间接对人身、财产、精神采取强制力量如责难、惩戒、威慑等，为基础性行政决定确定义务的实现保驾护航。命令性行为是向相对人强制施加作为、不作为、容忍等特定义务的行政行为，其形式通常是命令或禁令。行政命令大体可被视为基础性行政决定中的命令性行为。因此，行政命令和行政处罚分属于基础性行政决定和保障性行政决定。

2.功能

行政命令并不涉及相对人的财产和资格，不具有惩罚性，而是通过一定时间内对某些事项或特定人作特定规范，要求相对人履行一定的行为义务并遵守一定的行为规则，如对行为进行限制或者禁止等。

环境行政命令并未给相对人增加新的义务，只是从没有履行义务的状态回归履行义务的状态，具有补救性，如责令限制生产并没有设定新的义务，只是要求超标超总量排放的排污者履行符合排污浓度和总量的既有法定义务。

守法是一种普遍义务，并非限于违法者的义务。环境行政处罚对没有履行义务的相对人施加额外的义务如罚款，具有惩罚性，已经依法履行义务的相对人不需要承担罚款等处罚。行政命令的补救功能是面向过去，纠正已经发生的违法行为，让相对人履行法律规定的义务，以使其恢复合法状态，并未增加额外义务；行政处罚以惩罚为其主旨，既对过去的违法行为进行消极评价，也震慑未来可能的违法行为，设定的义务是行为合法时所没有的义务。

若责令行为关注的只有违法行为，旨在终结违法行为和回归合法状态，属于行政命令；若责令行为对违法者要求了额外的新义务，突破了有关规定对其施加义务的界限，则属于行政处罚。