hepa过滤器是生物安全柜的核心部分，由任意地被安排的纤维席子组成。HEPA过滤器是可处理的干型高效空气过滤器，是由叠片状硼硅微纤维制成的，影响作用的关键度规是纤维密度和直径和过滤器厚度。

HEPA过滤器在生物医学领域主要用于滤除空气中的细菌和病毒等有机体，因而，可以预防和控制细菌和病毒等有机体，造成的相关疾病的传染传播。一般，医疗使用HEPA滤清系统也合并使用高能紫外光模块，杀灭过滤介质中的病毒和活细菌。某些HEPA过滤器额定的HEPA单位有效率规定值99.995%，用于控制通过空气中的细菌、病毒或其它有害颗粒物传播的疾病。