1、商业数据是一家公司的核心机密数据，京东和支付宝是两家竞争公司，若是以支付宝为支付途径，等同于将自己的商业数据在对手面前曝光。在公司规模不够大的时候，的确需要第三方支付公司带来更方便更好用的支付方式，但当公司规模大到一定程度的时候，这样做会非常不利，公司的模式和销售状况被其他公司知道，很容易被其复制导致公司面临危机。

2、支付宝要收手续费，以千分之五来计算，以京东的年销售额来算，若以支付宝为支付途径，其利润亏损巨大。

3、京东已经收购了网银在线，网银在线是和支付宝类似的第三方支付公司，因此在支付上就不需要支付宝。

4、快捷支付是目前主流的支付方式，也是未来的趋势。京东现在的线上支付也属于短信快捷支付，体验上和支付宝类似。