驾驶证二证合一时扣分要按照初次领证的时间算周期，每十二个月为一个扣分周期。相关规定如下：

根据《机动车驾驶证申领和使用规定》(公安部第91号令)第四十三条规定：道路交通安全违法行为累积记分周期(即记分周期)为12个月，满分为12分，从机动车驾驶证初次领证之日起计算。因此，你的驾驶证初次领证日期即为清分日期，每周年为一个记分周期。

根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》规定：机动车驾驶人在一个记分周期内记分未达到12分，所处罚款已经缴纳的，记分予以清除;记分未达到12分，但尚有罚款未缴纳的，记分转入下一记分周期。

因此，违法处罚时间和缴纳款时间要看是否在下一个清分日期之前办结，才能确定具体扣分记录在哪个记分周期内。