玉树市区海拔4493.4米。玉树市位于青藏高原东部，地处玉树藏族自治州东部，玉树市地形以高原为主，境内平均海拔4493.4米，整个地形西北和中部高，东南和东北低，地形复杂，地势高耸，地貌以高山峡谷和山原地带为主，间有许多小盆地。

地形以山地高原为主，通天河、扎曲、巴曲在玉树市境内流过。气候寒冷，年温差小，日温差大，是一个以牧为主，农牧结合的半农半牧城市。

最高山峰保俊色海拔5752米，东部正达金沙江水面海拔3350米，平均海拔4493.4米，境内海拔5000米以上的山峰有951座，大部分终年积雪。

地形地势东临川西山地，南接横断山脉北段，西近高原主体，地势高耸，地形复杂，由唐古拉山余脉色吉嘎牙—格拉山构成地形骨干，从东向西横贯县境中部，蜿蜒曲折，形成树枝形山地，是两大流域的分水岭。

玉树藏族自治州位于青海省西南部青藏高原腹地的三江源头。全州总面积26.7万平方千米，地理坐标为东经89°27′-97°39′、北纬31°45′-36°-10′之间。北与海西蒙古族藏族自治州相连，边界线长724千米。

玉树是青藏高原的重要组成部分，而且在青藏高原腹地构成了自成体系的自然区域。长江、黄河、澜沧江三大河流均发源于该地，素有江河之源和中华水塔之美誉。北靠通天河，全市纵跨长江与澜沧江两大水系，两大水系支流网络全市。通天河、扎曲、巴曲在玉树市境内流过。

玉树河流水系

市境内河流密布，水源丰富且水质良好。主要由内流河和外流河组成。

外流河分为长江和澜沧江两大水系。境内长江水系主要由结曲河、治曲河、扎曲、益曲、尕河、折涌等小支流和支沟组成；澜沧江水系主要由孜曲、盖曲、草曲、江西沟、隆曲、觉曲等组成。

内流水系极水，河流短而多注入小湖泊。河水主要由雨水、冰水、雪水补给，地下水资源虽相当丰富，但其水位呈逐年下降或断流的趋势。其补水主要是山前洪积扇和河谷冲积平原上的潜水补给。

境内较大的湖泊有年吉措、晒阴措、隆宝湖、白马海等，还有一些零星小内陆湖泊，总面积为17.02万新加坡，均为淡水湖泊。