游戏以《源氏物语》中的平安时代为背景，讲述了人鬼共生的奇幻故事。玩家将化身阴阳师，与众多妖怪式神缔结契约，探寻自身记忆的故事。

背景设定

故事发生在人鬼共生的年代，原本属于阴界的魑魅魍魉，潜藏在人类的恐慌中伺机而动，阳界的秩序岌岌可危。幸而世间有着一群懂得观星测位、画符念咒，还可以跨越阴阳两界，甚至支配灵体的异能者，他们正各尽所能，为了维护阴阳两界的平衡赌上性命战斗并被世人尊称为“阴阳师”。

妖怪是《阴阳师》中的一种角色形象设定，这些角色都是日本文化中的经典妖怪形象，设定为“祸害”即担任游戏中的反派角色，阴阳师的职责就是退治妖怪，而当妖怪被阴阳师收服之后则称为“式神”，成为阴阳师的作战单位。妖怪和式神都有等级、属性和技能的设定。

升星与觉醒

升星与觉醒是式神的专有能力强化途径，这是由传说中妖怪成精要修炼、要有契机而增加的设定。

式神拥有等级设定，当式神达到式神升星等级条件时（升星的目的即是提升式神等级上限），式神就可以进行升星（式神星级上限为六星）：玩家需要将目标式神升级到满级，每个星级都有不同的等级上限，例如两星的时候是20级、三星的时候是25级，越往后等级上限越高。式神升级到满级以后，就需要喂同星级的式神或者达摩来进行升星，两星的时候需要2个两星式神或者达摩，三星的时候需要3个式神或达摩，如果想要快速升星，就需要带着不需要的素材来升级，方便获得更多升星素材。注意一点就是，用来升星的素材不需要满级，只要星星达到要求就可以了，比如妖狐二星20级，升级三星的时候，只需要用两个1级的两星式神或达摩就可以将妖狐升到三星。御魂可以在通关剧情副本或御魂副本获得。

式神升星机制：二星等级上限20级，需要2只2星任意式神作为升星材料及一定金钱，可提升至3星，同时等级上限提升至25级；三星等级上限25级，需要3只3星任意式神作为升星材料及一定金钱，可提升至4星，同时等级上限提升至30级；以此类推，最高星级为6星，等级上限为40级。

式神觉醒

式神觉醒并不要求式神的等级，但是其中N卡、SP卡无法觉醒、R卡、SR卡、SSR卡可觉醒，式神觉醒需要觉醒材料，觉醒材料出处在探索里（“探索“-”觉醒材料”）.式神觉醒可以大幅增强式神的能力并改变式神外观（皮肤），一个式神可以拥有多个不同的觉醒皮肤，皮肤不会给式神带来增强效果，而每个式神的觉醒效果各不相同：有的式神觉醒是增强技能效果；有的式神觉醒是获得第三个技能。无一例外，式神觉醒都会使式神变强，同时其基础属性和属性资质会提升，例如之前属性资质是A，觉醒后可能会提升为S。式神觉醒的材料需要在“探索”里的“觉醒材料”副本获得。