根据2025年第一季度铁路调图可知，目前金山铁路每日图定开行38对，其中只有20对停靠上海南站，列车占比53%，其余47%车次停靠莘庄站。

莘庄站：位于闵行区莘庄镇，站台规模3台6线，于2025年1月5日恢复客运业务；上海南站：位于徐汇区，目前站台规模6台13线。

调图后，市民出行时间成本增加

早高峰期间：旅客从金山卫站出发，即金山卫站至上海南站由之前的3班次减少至2班次，如果旅客从春申站出发，旅客只能到达莘庄火车站（不能到达上海南站），而且车次比调图前有所减少；晚高峰期间：由上海南站至金山卫站，末班车时间提前至19:35分钟，比调图前提前了2小时17分钟等。

上海南站

莘庄站

还有重要一点就是，旅客从金山卫站出发，到达终点站莘庄站，与上海轨道交通换乘，需要重新过安检，造成有排队情况；而旅客到达终点站上海南站，通过免安检直接换乘上海轨道交通，将节约不少通勤时间。

金山铁路原本的终点站为上海南站，由于上海南站改造升级后，高铁停靠的比例大幅提升，再加上近些年国铁有意推动普速外迁（如广东东站变成高铁站）。使得金山铁路的处境“很尴尬”，终点站似乎缩短至莘庄站。还有一个重要一点，上海南站改造前，只有普铁和金山铁路；改造后，单独修建沪昆高铁联络线，但是金山铁路、沪昆普速和沪苏湖高铁争抢原本的2根线，显然金山铁路的优先级最低，故而新建莘庄站（损失的是乘坐金山铁路的旅客），从而解决上述问题。