厦门港在清朝之前并不像泉州港和漳州港那么有名。郑成功占领厦门后，为养活军队，以厦门为中心发展海上贸易，开启了厦门港的黄金时代。

清政府在与郑氏政权对抗期间，虽然实行过“迁界”政策，几乎把当时的中国变成了个内陆国，但终究抵挡不住海上贸易的诱惑。1683年，清政府放弃海禁，建立关税制度，在厦门等地设立海关。作为清朝的“通洋正口”，厦门的对外贸易迅速发展，关税每年多达10万两白银，与关税相关的官职都成了肥差。乾隆末年，担任厦防同知的黄奠邦为了保住这个官职，每年送给闽渐总督、福建巡抚各4600两白银。这些白银换算成人民币在80万左右，可见这差事多肥！

除了繁盛的贸易，这里还出现了洋行。1684年，一艘英国船驶进厦门港，想和当地人做生意。有人将英国商人带到一家店里，店主和他谈了价钱。英国商人嫌价格太低，就去找别的商人。后来他发现，所有商人给的价都一样，他这才明白，厦门已经有了包揽贸易的“商总”也就是“洋行”的前身。

雍正年间，清政府在厦门等地正式设洋行。这些洋行和后来由外国人经营的洋行不同，是由中国商人经营的。洋行对进口货物进行价格评定和购销，采购外国人想买的货物。外国商人必须住在洋行开办的“番馆”里，并对商船办理手续。可见，厦门港的对外贸易正在走向成熟。

可惜清政府一边盲目自大，认为“天朝物产丰盈，无所不有”，一边又极不自信，生怕外国人与沿海居民勾结造反。在这种矛盾的思想下，清政府经常变更对外贸易政策，以后的一百余年里，厦门港也就兴一阵衰一阵。