清代的黄岩属于浙江省内的战略要地，尤其是清代前期，你看黄岩正处于浙江陆地的中间位置和浙江沿海的中心位置，陆路可防福建的耿精忠，海路可覆盖浙江沿海所有范围，可防台湾岛的郑经。这也就成为黄岩的高光时刻，黄岩城内驻扎了浙江水师提督和黄岩镇总兵两路人马。要知道黄岩县知县就只是个七品芝麻官，而水师提督是从一品，总兵是正二品，一个相当于东海舰队司令，一个相当于省军区司令。 当时的临海城里的台州府知府也就从四品。可能“小小台州府，大大黄岩县”，说的不是台州府城面积小黄岩县城面积大，实际上就是台州府城比黄岩县城大，而是说的是台州府城里的官职小，黄岩县城内的官职大。确实比台州府大多了。 黄岩县当时就是浙江沿海军事地位和军事实力最强的县，在浙江全省来说，也就仅次于杭州的存在。 三藩之乱时，耿精忠部将曾养性率10万大军曾驻扎于黄岩委羽山，与黄岩镇的清军大战。而海上，浙江水师对于收复台湾也颇有贡献。不过随着台湾的收复，浙江水师失去了战略作用，也随之被裁撤。而黄岩镇总兵一直存在到清末。不过，同治十一年(1872)二月，因出海缉盗不便，黄岩镇总兵移驻海门。
