武德二年（619年），开州蛮首冉肇则反叛，李孝恭率唐将李靖讨逆，李靖率八百精兵乘夜袭营，大破冉军，阵斩冉肇则。李孝恭因功诏授信州总管，并赐权益授官之权。同年李孝恭向李渊献上平定割据江陵的萧铣之策，李渊大悦，采纳其建议，封李孝恭赵郡王，并改信州为夔州（今重庆奉节县城），拜李孝恭为夔州总管，令其大兴土木，建造舰船，训练水师，准备进攻萧铣。李孝恭将巴蜀地区各州府部族首领之子收录任用，对外称是为国选才，实则为质。不久，朝廷又改授李孝恭为荆湘道行军总管，节制水陆十二路军队，自硖州（今夷陵）出发，进攻江陵。 李孝恭率大军顺江而下，先后击破荆门，宜都(宜昌）二城。萧铣知悉后派大将文士弘率兵数万屯于清江（今恩施一带），李孝恭决意乘胜一战。李靖认为文士弘士气正盛，锐不可挡，劝李孝恭避其锋芒。李孝恭不从，留李靖守营，亲率大军前往，果然不敌，急率残部奔逃至南岸。文士弘乘大胜之机，纵兵抢掠，士兵四处掠夺，混乱不堪。李靖见状，趁乱发兵，大破文军，俘获文军各类战船四百余艘，杀死溺死的士兵达万人之众。 后李孝恭派李靖率轻骑五千，兵临江陵城下，又将清江所获船只，悉数弃于江中，诸将不解，询问李孝恭因何弃船。李孝恭表示，此地南至大海，东至洞庭湖，皆为萧铣所有，他们攻打江陵，如不顺利，拖到对方援军到来，将腹背受敌，就算有这些战船，也无用处。如今将空船顺江而下，沿途看到这些战船的萧铣部下，定会认为萧铣已经战败，不会轻易来援，等他们探听到确切消息，自己已攻下江陵了。不久，萧铣的援军见到空船后，不敢来援。萧铣于江陵城内外阻绝，不得已出城请降，萧铣覆灭。李渊知悉后，龙颜大悦，封李孝恭为荆州大总管，并且找来画师，为李孝恭画像。李孝恭上任后，在当地开荒屯田，开设铜矿，为百姓提供便利。
