1967年，阿拉法特失去了埃及支持，走投无路的他带着4000多士兵和40万巴勒斯坦难民投奔约旦。 1967年六日战争犹如一场席卷中东的飓风，将巴勒斯坦解放组织（PLO）和它的领导人阿拉法特卷入了前所未有的困境漩涡。战争的结果是以色列对巴勒斯坦主要区域的全面控制，这意味着PLO在其发源地和主要活动范围失去了立足之地。昔日的根据地变成了以色列的占领区，组织面临着存亡绝续的危机。 在这个节骨眼上，埃及方面表示无法继续为PLO提供政治和军事支持。这无疑是雪上加霜，本就困难重重的PLO顿时走投无路。阿拉法特必须为组织寻找一个新的庇护所，而选择却非常有限。经过权衡，他做出了一个艰难的决定:带领部下和难民投奔约旦。 于是，在阿拉法特的带领下，约4000名士兵和大约40万巴勒斯坦难民浩浩荡荡地向约旦进发。他们背井离乡，告别了生活了几十年的故土，朝着未知的前方踏上了流亡之路。这支庞大的队伍犹如一支流亡的部落，他们带着简陋的行囊，牵着仅存的牲畜，在炎炎烈日下跋涉在约旦河谷地带。 难民们的到来对约旦王国的政治、社会、军事结构造成了巨大压力。原本就并不富裕的约旦一下子要接纳这么多流离失所的人，在资源分配和社会秩序维持方面面临严峻挑战。难民营如雨后春笋般建立起来，帐篷和简陋的房屋遍布约旦城镇和乡村。 阿拉法特抓住机会，在约旦迅速建立起PLO的行政和军事体系。在难民营里，PLO成为了实际上的管理者。他们在营地中设立办事处，负责日常事务的处理和纠纷的调解。同时，阿拉法特还下令在难民营中开展军事训练。许多难民应召加入PLO的武装力量，他们怀着对失去家园的愤怒和对未来的憧憬，投入到军事训练的行列中去。 就这样，PLO在约旦的影响力日渐增强，尤其是在巴勒斯坦难民聚居的地区。阿拉法特控制下的＂国中之国＂悄然形成，构成了约旦国王侯赛因统治的潜在威胁。而对于许多巴勒斯坦难民而言，阿拉法特和PLO代表着复国的希望，他们愿意追随这位领袖，哪怕前路充满荆棘。 但同时，PLO在约旦的壮大也为后来爆发的冲突埋下了祸根。PLO在约旦安顿后，迅速掌控了当地的资源分配。利用约旦的粮食和物资，阿拉法特为巴勒斯坦难民提供武器，意图武装这些群体来扩大其影响力。然而，武装后的难民却开始不遵守约旦的法律，甚至建立起了一个与约旦政府对立的“国中之国”。这种局面严重威胁了约旦的主权和社会稳定。约旦国王侯赛因起初尝试通过协商来约束阿拉法特的过激行为，但局势已经恶化，任何和平方式都无法解决问题。
局势很快升级为直接对抗。面对阿拉法特的扩张行为，约旦政府采取了驱逐行动，但阿拉法特不甘束手就擒。他策动约旦国内的激进派试图推翻政府。这一举动彻底激怒了约旦国王，双方爆发了武装冲突。在这场冲突中，叙利亚试图通过坦克部队干预，支援PLO，但以色列的突然介入打破了叙利亚的计划。以色列的军队成功拦截了叙利亚坦克，使得阿拉法特的叛乱行动遭到彻底失败。最终，约旦政府成功将阿拉法特和PLO驱逐出境，并摧毁了他们在约旦的据点。
流亡至黎巴嫩后，阿拉法特再次复制了在约旦的策略，试图以相似的方式扩大PLO的影响。他的支持者在黎巴嫩境内建立据点，继续武装活动，并引发了针对当地基督教徒的暴力事件。这些行动加剧了黎巴嫩的内部冲突，最终导致黎巴嫩陷入了更加严重的宗教和政治分裂。1981年，以色列不得不出手干预，这才平息了黎巴嫩的混乱局面。
尽管阿拉法特的领导能力在与以色列的斗争中发挥了作用，他的激进策略和背叛行为却不断让他失去区域内国家的支持。无论是在约旦还是黎巴嫩，他的行为都被视为对所在国主权的挑衅，最终导致PLO在这些国家被驱逐。尽管PLO在某些战役中取得了一定胜利，但这些胜利并未改变巴勒斯坦人的困境，也未能实现他们的国家目标。
阿拉法特的一生充满了争议。他领导下的PLO确实在巴以问题上起到了推动作用，但其方式却导致了更多的敌对和流血冲突。最终，他的极端手段不仅没能为巴勒斯坦人争取到真正的国家地位，还使得他的支持基础在阿拉伯世界内部逐渐崩塌。
