1947年11月，蒋介石让马鸿逵派兵支援榆林，马鸿逵命令部队 ：“能打就打一下，不能打就退回宁夏。” 蒋介石大怒，给前线的马鸿逵二儿子马敦静空投手令，称：“如果榆林有失，唯你父子是问。” 见蒋介石动了肝火，马鸿逵不敢再怠慢，赶紧令马敦静加快行军速度，但在战场上仍没有全力作战。 在解放军的有力打击下，马鸿逵的援榆部队损失惨重，不等战斗结束，马鸿逵便以粮秣困难以及解放军可能进攻三边为由，下令残部迅速返回宁夏。 经此一败，马鸿逵再也不敢与解放军发生正面冲突，指示所部采取“多方拖延，绝不冒险前进”的方针。 1949年4月，在解放军就要发起渡江战役之时，马鸿逵与马步芳仍在做“西北王”的美梦，为西北军政长官和甘肃省主席的职务争夺不休。 代总统李宗仁考虑到无论任命马鸿逵与马步芳哪一个为西北军政长官，另一个都不会服气，索性提出第三个人选，马鸿逵的堂兄马鸿宾。 对此项任命第一个跳出来反对的，便是马鸿逵，表示若让马鸿宾就任西北军政长官，他就辞去所有职务 与此同时，马步芳暗中积极活动，派亲信携重金到广州，打通了白崇禧的门路，使得西北军政长官一职基本内定为马步芳。 马鸿逵得到消息后，知道马步芳出任西北军政长官已是板上钉钉之事，与其做无谓的反对，不如做个顺水人情，于是主动表示将西北军政长官一职让与马步芳，称自己“情愿当个参谋”。 马步芳见马鸿逵如此“谦让”，感到不好意思，也故作谦让起来，两人关系因此得到缓和，马鸿逵还做主将孙女许配给马步芳兄长马步青的儿子做媳妇。 两人达成协定，马鸿逵出面推举马步芳出任西北军政长官，待马步芳上任后再推举马鸿逵出任甘肃省主席。 马鸿逵的如意算盘是，等自己当上甘肃省主席，便把宁夏的职务让给儿子马敦静，马鸿逵洋洋得意的对部属说：“长官是虚衔，省主席是实缺，有地盘，有实权，将来可以多征兵。” 然而，马步芳却从没想过兑现对马鸿逵的承诺，他出任西北军政长官后，立即将甘肃省主席的职位交给儿子马继援，再由亲信马骥出任青海省主席。 马鸿逵气得飞到广州，向行政院长阎锡山大发牢骚。阎锡山自然不会介入二马之争，只是对马鸿逵敷衍一番。无奈，马鸿逵又飞到台湾草山，找蒋介石哭诉。 蒋介石为拉拢马鸿逵，许诺不久将“明令”发表他的甘肃省主席之职，但马鸿逵此时已知道国民党大势已去，明白即使蒋介石任命他为甘肃省主席，怕是也做不了几天。于是开始在台北、香港及国外购置房产，为逃离做准备。 马鸿逵邀请陈纳德“访问”宁夏，以抛售羊毛为借口，托陈纳德为他运送财物，除了七吨黄金，还有大批的珍贵珠宝等，全部在陈纳德的帮助下，存入了美国银行。 8月，在蒋介石授下，正式任命马鸿逵为甘肃省主席，宁夏则由马敦静担任。同时，为了消除马鸿逵与马步芳之间的矛盾，阎锡山特地将两人召至广州，进行调节。二马同住爱群酒店，秉烛夜谈，都信誓旦旦的表示一定要摒弃前嫌。 然而，马鸿逵已经有过一次教训，知道马步芳擅长作秀，因此在离开广州的前一夜，召集全体部下，向他们下达命令：“明天飞宁夏不去兰州。” 见部下露出疑惑表情，马鸿逵解释说：“如果我与马步芳同往兰州，他必要把我扣起来，强迫宁夏出兵，必要时还会伤害我。” 马鸿逵吃一堑长一智，对马步芳的为人和惯用伎俩有了深刻认识。 于是，马鸿逵飞回宁夏。 不久后，解放军发起了解放兰州的战役。 马步芳不断向马鸿逵紧急求援，广州的阎锡山也急令马鸿逵派兵支援。但马鸿逵不为所动。 随着急电一封接一封，马鸿逵却悠哉游哉，显得幸灾乐祸的对部下说：“我就不信放不倒你马步芳！” 后来，马鸿逵迫于形势，不得不出兵敷衍，待援兵先头部队抵达甘、宁交界处时，马鸿逵即下令停止前进，向马步芳索要军用物资，马步芳不给就不前进，一方面为拖延时间、保存实力，另一方面则是要趁火打劫。 兰州解放后，解放军第十九兵团联络部部长甄华派联络员来到宁夏，向马鸿逵转达和平解放宁夏的诚意。傅作义也从包头给马鸿逵打来电话，劝他认清形势，率部起义。 马鸿逵表面上一副不排斥起义的模样，实际只是为了拖延时间，私底下给部下下令死守宁夏。 在军事会议上，马鸿逵命令部队顽抗到底，他对部下说：“要效仿阎锡山，损失尽净也在所不计，最后阎锡山还是当了行政院长嘛！” 但在战事一起，马鸿逵就准备逃跑，但他担心这样逃走，会动摇军心。恰在此时，蒋介石来电，召马鸿逵到重庆参加军事会议，马鸿逵激动地对四姨太、五姨太说：“总裁又帮了我个大忙啊！” 马鸿逵带着两名姨太，光明正大地离开宁夏，临走前将宁夏军政大权交给他的次子，时任宁夏兵团司令官的马敦静。 随着战况越来越紧张，马鸿逵长子马敦厚、次子马敦静心知宁夏是守不住了，也借故离开，携眷逃往重庆。父子三人在重庆的一处密室重聚，相对而泣，之后又仓惶逃到台湾继而去了美国，结束了军政生涯。
