查士丁尼立法的时代，基督教教义与罗马法的结合进入了新阶段。（查士丁尼以前的罗马帝国婚姻立法见 ）
查士丁尼多次明确重申基督教提倡的那种婚姻道德：“婚姻不是通过嫁妆安排而是通过感情缔结的。”但他也意识到这一学说带来了巨大的问题：如果婚约的本质在于意图和感情，那么如何才能确定无疑地证明婚姻确实已经发生？更重要的是，如果一个孩子不能提供明确的证据证明他的父母已经结婚，而不仅仅是以情人和妾的身份生活在一起，那么法官又如何确定他是否是婚生子女呢？经过多次调整，最终在《新律》中，皇帝以区别对待的方式规定，社会最高级别的公民必须通过书面协议缔结婚姻。不禁止其他人使用书面协议作为婚姻证明，但也不要求他们这样做。社会地位较低的人可以继续“仅凭感情”结婚，他们的婚姻将被视为有效，他们的子女也是合法的。
查士丁尼的离婚政策也经历了逐步的修改。他的离婚立法总体上倾向于增加对离婚的限制，但没有证据表明他认为婚姻一种圣事，完全不可解除。他最早于 533 年颁布的离婚法扩大了离婚的理由。该法令规定，如果妻子堕胎、试图与其他男人结婚，或养成与丈夫以外的男人共浴的习惯，男人就可以与妻子离婚。除外，查士丁尼还规定，男子可以通过出家或隐居的方式单方面废除婚姻。尽管这种行为涉及法律认可的分居，但从技术上讲并没有终止婚姻关系，而且还可以使夫妻双方之前就其中一方死亡后的财产分割问题达成的协议生效。
536年的《新律》中的离婚法以婚姻可解除这一明确前提为基础。查士丁尼宣称，“在人类事务中，任何有约束力的事情都可以解除”，而婚姻就是人类事务。新法概述了在双方都还活着的情况下终止婚姻可能途径。法律不再涉及双方同意离婚的问题，因为在查士丁尼看来，这是当事人自己的事。他也不赞成一方无理由的离婚，要求在有争议的情况下，必须为离婚行为提供一些正当理由。随后，离婚法的大部分内容涉及离婚的合理理由，包括无法发生性关系、一方在战斗中被俘或失踪、通奸、杀人、盗墓、政治阴谋、巫术、帮助和教唆土匪、与其他男人一起看戏、吃饭或洗澡、未经丈夫允许在外过夜，以及危及配偶生命的活动。
7 年后查士丁尼颁布新离婚法敕令，主要关注离婚的经济后果，并特别重视保障子女的利益。同时大幅限缩可接受的离婚理由，取消了大部分以前涉及对配偶以外的当事人实施犯罪行为的理由，妻子实施巫术、绑架、抢劫和其他针对第三者的犯罪不能作为被离弃的理由。杀人未遂仍然是，但前提是受害者是丈夫。妻子使人怀疑她可能有通奸行为的行为仍然保留，如与其他男人一起参加娱乐活动、与他们一起洗澡或用餐等。但有趣的是，清单同时增加了丈夫的类似行为，频繁拜访其他女人，在家庭中留宿其他女人。如果丈夫指控妻子通奸但又无法证明，根据新法规，这也成为妻子要求离婚的合理理由。
可以看到，立法者努力调和基督教教义关于夫妻应终生保持婚姻关系的论点与市民社会的实际情况，以及罗马人自愿结婚和自愿离婚的传统之间的矛盾。虽然教会成功地争取到了对法律的一些修改，但查士丁尼及其继任者并不打算将教父作家所主张的更严格的道德主义观点上升为法律。比如在骈居问题上，基督教道德家深恶痛绝，将其等同于通奸和卖淫，但查士丁尼的立法却是改善了情妇及其子女的法律地位，皇帝拒绝对他们进行额外的处罚。在查士丁尼统治下，骈居被提高到与婚姻几乎平等的地位。528年和529年，查士丁尼放宽了有关情妇及其子女继承权的法律，特别是赋予亲生子女继承其父亲一半，以及完全继承其母财产的权利。使父亲能够增加其亲生子女最终获得的遗产份额。531年立法禁止已故男子的继承人像以前的法律所允许的那样奴役其情妇及其子女，情妇的处境得到了进一步改善。五年后，情妇及其子女无遗嘱继承遗产的权利进一步扩大，539年查士丁尼赋予她们更多的财产权，让情妇及其子女的地位与正妻及其子女的地位仅有细微差别。查士丁尼关于骈居的立法只是略微反映了教会的建议。他一再坚持情妇必须是永久性的，男子不得同时拥有一个以上的情妇，这当然是符合基督教权威的观点。
查士丁尼在性犯罪方面的立法是比较激进的。他让被戴绿帽子的丈夫基本上不可能再合法杀死他的不忠妻子和她的情人。根据规定，丈夫必须向通奸的妻子和她的情人发出三次书面警告，每次警告都要有三个可信的证人作证。如果在第三次警告之后，丈夫又在自己家中、妻子家中、奸夫家中或酒馆中对妻子和她的姘夫进行了警告，那么丈夫才可以杀死奸夫。或者，根据后来的宪令，丈夫有权殴打通奸的妻子，并将她关进修道院。如果丈夫在两年内反悔，他可以将妻子接回；如果没有，妻子就必须出家为修女。通奸的已婚男子受到的惩罚要温和得多：他会失去了对嫁妆财产和聘礼的权利，这两项权利都归妻子所有。妻子也有权对他提起离婚诉讼。
查士丁尼对强奸的处理比他的所有前任都要严厉。在533年的一项重要法令中，他规定对绑架或奸淫任何妇女的罪犯都要处以死刑，无论这些妇女是奴隶、自由妇女、已婚妇女、单身妇女、已订婚或未订婚妇女、献身于上帝的妇女还是生活在世俗中的妇女。该刑罚也适用于该行为的共犯或为该行为做准备的共犯；如果受害者的家人在该行为中逮捕到罪犯，则有权对其处以私刑。未婚夫诱拐或奸淫未婚妻同样会被判处死刑。如果受害者是底层妇女，死刑可能会被宽大改为没收罪犯及其同谋的财产归受害者家庭所有。如果犯罪者是奴隶，他将被活活烧死。诱拐或奸淫修女或其他献身宗教的妇女的男子不仅会被处以死刑，还会被没收所有财产，并将其上缴给受害者的修道院。此外，查士丁尼还规定，强奸或绑架妇女的人，事后绝不可以与受害人结婚，即使受害者的家人后来同意他们的结合。
