1947年4月，孙立人失去对新一军的指挥权，明升暗降为东北保安副司令，几个月后，他被调离东北，这背后是和杜聿明的矛盾。 1946年3月底，新一军在攻占铁岭后，和陈明仁的七十一军会合，向四平进犯。这时的孙立人尚在国外，新一军实际上由东北保安副司令郑洞国指挥。 郑洞国是新一军的老军长，指挥起来也算得心应手。5月15日，回国的孙立人赶到四平前线接过了新一军的指挥权。 廖耀湘的新六军、赵公武的五十二军在占领本溪后，也向四平压了过来，鉴于蒋军兵力剧增，东北民主联军于5月18日夜主动撤出四平。 四平之战后，杜聿明和孙立人发生了激烈的冲突。杜聿明将部队分为三路（左、中、右），中路的任务是一路疾行，直至占领长春，杜聿明对该路最重视，将新一军、新六军都编入该路，由郑洞国统一指挥。 为了加强中路实力，在新六军开拨时，杜聿明又将七十一军的八十八师也划入中路，临时由廖耀湘指挥。 不想，孙立人却以部队在四平之战中消耗过大，需要休整为由，对郑洞国的指令毫不理会。郑洞国无奈，只得给杜聿明发去电报，说新六军已经出发，陈明仁也很痛快的把八十八师调给了廖耀湘指挥，唯有孙立人按兵不动。 杜聿明大怒，乘车带着郑洞国来到了孙立人的军部，一番争吵后，杜聿明以强硬的语气说：“新一军若还是迟缓不前，影响了占领长春，军法从事。” 杜聿明的警告并无多大效果，新一军虽然开拨了，但采取的是正常行军，并未急行军。当5月23日，廖耀湘率部占领长春时，新一军的主力还在半路。 南京的蒋介石，得知长春被占领后，乘飞机去沈阳督战。为了扭转战局，东北民主联军采取“南拉北打”的战术，于5月24日向驻守鞍山、海城的滇军60军184师发起进攻。 184师到东北后，分散驻守于铁路沿线，其中在鞍山驻守一个团，海城驻守师部直属部队外加一个团，鞍山受到攻击后，在海城的师长潘朔端给杜聿明发去求援的急电。 杜聿明给孙立人发去电报，让新一军主力迅速向鞍海地区集结，以解184师之围。孙立人回电，说部队需要休整三天，才可以开拨。 5月25日，民主联军攻占鞍山，杜聿明又给孙立人发去电报，说已调集了大量的火车车皮用于装运新一军官兵，让孙立人务必在26日下午，率部抵达海城。 孙立人这边，越过东北行辕和保安司令部，直接去找了在沈阳的蒋介石，一番“申诉”后，心疼嫡系王牌部队的老蒋，同意了新一军休整后再执行救援任务。 26日，老蒋召见杜聿明说：“新一军长期作战，急需休整，我已同意孙立人，休整三天后，再去解海城之围。” 杜聿明说：“184师，在海城实际不到二个团的兵力，恐难久守。” 老蒋不以为然的说：“你电告潘朔端，务必坚守，几天时间还是守的住的吧。” 5月28日，新一军开拨，但行军速度并不快。29日，新一军先头部队到了鞍山，而海城的184师师长潘朔端下达了战场起义的命令。 海城起义后，起义部队接受改编，和民主联军主动撤离。6月4日，新一军占领已是空城的海城，孙立人向沈阳发去告捷电报。 杜聿明此前在昆明发起兵变，逼迫“云南王”龙云辞去本兼各职，去担任有名无实的军事参议院院长，此事让滇军官兵对杜聿明很是敌视。老蒋抢占东北时，将滇军主力六十军、九十三军派去参战，潘朔端起义后，东北的滇军将领都愤愤不平，认为这是杜聿明见死不救造成的。杜聿明也是吃了个哑巴亏，他和孙立人的矛盾进一步激化了。 其实，此事的责任老蒋也很大，试问如果在海城被围的不是杂牌部队，而是像新一军、五十二军、七十一这样的嫡系主力，老蒋还会让新一军休整三天吗？当然不会，恐怕老蒋比杜聿明还急切，恨不得亲自指挥救援，半天都不会拖延。 1947年2月，新一军新三十师的一个团被歼灭，杜聿明在军事检讨会上，要严惩新三十师师长唐守智。 孙立人在会上替唐守智出头，说唐守智并无过错。杜聿明大怒，说孙立人目无长官，不服调遣，孙立人反唇相讥，说杜聿明胡乱指挥，将新一军拆分使用，这才招致失败，两人吵得很凶，会议也不得不中途结束。 会后，杜聿明写了封信，内容大意是建议将唐守智撤职查办，孙立人调离新一军，信由参谋长赵家骧飞去南京交到老蒋手中。 不久后，唐守智被免去师长职务，改任新一军少将高参。紧接着，孙立人改任东北保安司令副长官，新一军军长由五十师师长潘裕昆（黄埔四期）接任。 1947年8月，东北保安司令部撤销，孙立人升任陆军副总司令兼任训练司令，杜聿明却未有新的任用，在上海赋闲了大半年，两人的恩怨就此划上句号。 孙立人到南京后，将不得志的唐守智调来训练司令部任参谋长，后来孙立人去台湾编练新军时，也不忘将唐守智带去。 让人没有想到的是，1955年，孙立人因“兵变案”被软禁后，唐守智为了撇清关系，竟然给老蒋上书，建议将孙立人枪毙。 孙立人和杜聿明在东北之争，孰是孰非，颇有争议，但有一点可以确认，就是美国军校出身的孙立人，是无法融入盘根错节的黄埔系。
