1949年9月，毛人凤拿着一份四百多人的枪决名单让卢汉签字，卢汉以证据不足拒绝签字。毛人凤说：“那就杀一半，留一半如何？”

卢汉还是不同意，毛人凤说：“至少要处决一百人，不能再少了。”

见卢汉还是拒绝，毛人凤又说：“先杀掉名单上靠前的四十人，不杀人的话，总裁那里不好交待。”

卢汉说：“未经军法会审的情况下，一个人都不能杀。”

卢汉是国民党云南省主席兼绥靖公署主任、中将加上将衔，地位比毛人凤这个特务头子要高，毛人凤见状，只得拿着名单气冲冲的离开。

两周前，老蒋从台湾飞到重庆，召开西南军政会议，要求主要军政人员都要参会。卢汉当时正在暗中策划起义，担心去重庆后会遭到扣押，便以身体有恙为由告假。

老蒋见卢汉不来开会，心中戒心大起，一面，派老侍卫长俞济时飞去昆明，催促卢汉尽快去重庆；另一面，老蒋做好了军事解决云南的布局，让在云南的李弥之第八军、余程万之第二十六军向昆明开进，在贵州的刘伯龙之第八十九军向云南开进。

在这种情况下，卢汉只能硬着头皮去重庆，临走前他召集骨干开会，再三叮嘱说，若去后遭到扣押，昆明这边马上发起起义。

卢汉的飞机在重庆机场降落后，西南军政长官张群带着一干军政大员来迎接。张群的地位高于卢汉，又是老蒋的结义兄弟，由他带队迎接，足可证明老蒋暂时不会动手。

卢汉松了口气，在和张群聊天时，故意说：“岳军兄，云南省主席我不打算干了，这次准备长住在重庆。”

张群说：“永衡老弟，你说的这是什么话，我向你打包票，你怎么来的，就怎么回去。”

随后，张群带着卢汉去见老蒋。老蒋见卢汉能来重庆，加之有张群说好话，心中的疑虑消散了大半，态度显得很随和。

卢汉在和老蒋谈话时，提出将云南的几个保安旅扩编为两个军，恢复之前滇军在东北损失掉的番号（60军、93军）。

老蒋很痛快的答应了，但随即又说：“60军的番号就不恢复了，就用74军的番号吧。”

原来，93军是在锦州解放时覆灭的，而60军是在长春解放时起义的，故而老蒋不愿再恢复60军的番号。

老蒋还答应，给卢汉拨付一百万大洋的军费及一批武器弹药，并口头承诺，在云南的“中央军”第八军、二十六军，也归卢汉节制。这明显是个空头支票，卢汉怎么可能指挥得动李弥、余程万这两个黄埔将领。

接着老蒋话锋一转，让卢汉回去后，改组云南省府，将“可疑人员”全部抓捕。卢汉要是不答应，肯定是过不了关的，他的想法是，应承下来后，回去可以拖延执行，直至不了了之。

不想，老蒋让卢汉回去时，带着保密局长毛人凤、保密局西南区长徐远举等大特务一起去昆明，共同实施所谓的“整肃”。

9月8日，卢汉返回昆明后，让亲信连夜通知能联系上的地下党、进步人士尽快转移，务必在抓人前出城。

老蒋的抓捕名单上，列第一位的是杨杰。杨杰是民国军学泰斗，当过陆军大学教育长，因反蒋上了黑名单。在卢汉派人掩护下，杨杰在特务抓捕前逃去了香港。可惜的是，杨杰到香港后，缺乏应有的警惕性，被毛人凤派去的特务杀害。

9月9日，在毛人凤的坐镇下，昆明的军、警、宪、特大出动，到处搜捕抓人。尽管大部分地下党、进步人士提前接到通知躲了起来，但还有部分人被捕，前后受牵连被抓的共有四百多人。

“九九整肃”后，毛人凤拿着被抓人员的花名册来到五华山省府卢汉的办公室，让他签发处决命令。在毛人凤的连番逼迫下，卢汉坚持不签字，主张一个都不杀。

毛人凤走后，卢汉通知警局、宪兵队的负责人，说没有他的直接命令，不许对任何人执行枪决。

紧接着，卢汉又下令让云南绥署军法处长杨振兴参与对被抓人员的审问，他对杨振兴说：“被抓的人定什么罪都行，但不能是死罪，只要能把性命保住，一切就都好说。你的任务是拖延时间。要是有人被杀，我唯你是问。”

就这样，一直拖到11月初，对被关押人员的审问还未结束。这时，代总统李宗仁路过昆明，卢汉在接待时趁机说：“九九整肃中被抓的人，有不少是社会贤达，其余就是普通职工、学生，一直关下去也不是办法，不如将人放了。”

李宗仁问：“这些人都没有问题吗？”

卢汉说：“即便有，也不是什么大问题。”

李宗仁当晚住在昆明，卢汉授意昆明各界给李宗仁写了联名信，大意是老蒋指使毛人凤胡乱抓人，引起云南人士的普遍反感，如果李宗仁能以代总统的名义下令放人，将是善举一件。

李宗仁颇受触动，在临走时签发放人的手令，写道：“罪无可渲，情有可原，准予放人。”

在李宗仁走后的第二天，杨振兴来找卢汉说：“毛人凤来电，点了十个人的名字，让押去重庆受审。”

卢汉说：“要去了重庆，还能活命，你这就去把所有人都放了。”

杨振兴说：“几百人一个个办手续的话，也得好几天。”

卢汉说：“你怎么这么笨，这是非常时刻，又有李代总统让放人的尚方宝剑，在一天内把人给我无条件的都放了。”

就这样，卢汉以自己的方式，将“九九整肃”的影响降到最小，未使一人被杀，这是他在起义前的一大功劳。