F-35A与C型间的主要区别之一是主翼后缘控制面。 A型配备一个“副翼”，该副翼跨越每个机翼90%的后缘。除了像传统副翼一样控制飞机的滚转或倾斜外，这两个副翼还可以一起降低，以减少失速速度，类似于襟翼的功能。这通常是作为减轻重量策略的一部分进行的。 C型除了有副翼外，还配备了一组延伸至后缘尖端的副翼。更大的控制面在较低速度下提供更精确的操控，尤其是在接近航母时。 F-35配备了一个名为集成直接升力控制（IDLC）的系统，该系统将飞行员的操纵杆指令转换为发动机功率和控制面运动的协调变化。这是未来的发展趋势，因为它在传统上高飞行员工作负荷的飞行状态下使飞行变得更加容易。