在厘金的征收方式上，各省施行的制度大概有两种，首先就是官征，其次是个人包缴。前者为各省基本通行的办法，后者仅仅针对少部分出产较繁的省份采用。

官征制度：是由各省官府设立局卡，按各省所定税率照章征税。商人运货到卡，由船户或本人前往局卡报验，经查验后，核算收税，开票放行。坐厘之官征，大都以各行店一月的营业额为征收课税的根据，按所定税率征收。包缴制度：即由同业商人或非同业人承总认定或承包诸业捐额，经理其事，负责缴纳。前者称为“认捐”，后者称为“包捐”。认捐因经理人为同行之人，能维护本行商人的共同利益。对政府也有利，既无偷漏之虞，又可节省征收之费。

对于厘金这一新税种，从其创办之初就繁琐苛刻、漏弊百出，具有浓厚的封建性和剥削性。首先，厘金课征凸显苛重，给百姓的日常生活危害极大。其次，苛重的厘金，对于商民的危害程度是史无前例的。它见货即征，不问巨细。征课涵盖范围异常广泛，“举凡一切贫富人民自出生到死亡，日用所需之物，无一不在被课之列。”以广西为例，在征厘范围内的物品为二十九类，多达一千九百四十二项，甚至小到手帕、荷包、扇袋、及米粉、醋、蒜这类日常的细微末节都要负担厘金。总而言之，凡市上可以流通的物件，无一不是在征之列。

纳厘助饷 奉旨抽厘

清代晚期各省设卡局很多，湖北初办厘金时，设卡局至四百余处，以后才逐渐裁减，至光绪三十一年还有局卡六十一处，分卡为数更多。以至“所有行商坐贾，于发货之地抽之，卖货之地又抽之，以货易钱之时，以钱换银之时又抽之，资本微末之店铺，户挑步担之生涯或行人携带盘川，女眷之随身包裹，无不留难搜括。”更兼税吏敲诈勒索，营私舞弊，除公开课税，层层盘剥外，勒索的名目多达十余种。同时，局卡掊吏还营私舞弊。侵蚀税款，如以多报少，以贵报贱，匿报罚款等。在征得的厘金中，三分耗于隶仆，三分耗于官绅，其余四分除去正费、杂费外，国家所得无几。厘金征收苛重，不仅增加了商人和消费者的负担，也严重地摧残了刚刚处于萌芽时期的商品经济。

清代湖北盐厘局50两银锭 公博评级 MS62+

在外国商品侵入我国，并通过不平等条约取得免纳厘金税特权的情况下，清朝晚期的厘金制度进一步削弱了我国自有商品的竞争能力，并有利于外国商品的侵入与倾销，从而严重的阻碍了我国商品经济的萌芽与发展。其次，税制出台过于杂乱随意，地方政府又多各自为政，执行起来毫无章法可言。

由于厘金的征收是为应急而在仓促间制定的，导致清廷中央政府没有制定统一的税则，致使任由各省自定税则，随意征收。厘金收入除按照规定数额报效朝廷外，很大一部分则由地方政府自由处置，表现出封建地方行政区域的本位至上性。地方政府所得的厘金税收，不列做正式收入，其中很大一部分被地方官吏假公肥私，变相中饱。晚晴时期，各省自留部分的厘金数额其实是很大的。宣统三年，中央在预算编制中对各省财政情况稍加核实，厘金预算数一跃而为四千三百多万两，骤比前一年增加一倍有余，而这些增长额也只是各省自留厘金总额中的一少部分，与实收总数相去甚远！

清代陕西五两厘金局银锭 公博评级 MS61+

厘金制度的产生原本主要就是要用于镇压劳动人民的起义，从而维持封建帝王统治的稳固。正如厘金最初是用于镇压太平天国革命运动，之后又大部分用于各地军费开支。据统计，同治十三年，在厘金收入中用作军费的就占百分之七十三点七；光绪元年占到百分之七十五点四；光绪十年则占百分之七十七点六，由此看出，军费占比是在持续增加中。在这些庞大的军费开支中，有百分之九十以上为地方各省军费支出，其主要目的都是用于防范和镇压人民起义及抗争，只有极为少数的类似海防经费等正向用途支出才包含了些许巩固国防之意。