南宗为正统，这是宗法上而言。

实际上当时孔端友、孔端操兄弟二人，哥哥孔端友是宋朝所封的衍圣公，随宋室南迁，这支是正统，自不待言；留在曲阜的弟弟孔端操被刘豫的伪齐政权封为伪“衍圣公”，次年（1133年）就死了。到1140年，金朝正式封孔端操的次子孔璠为衍圣公，这是北宗衍圣公的起始。

另一方面，逃到南宋的正宗（南宗）衍圣公孔端友，他没有儿子。最后把孔端操的第四子孔玠过继过来，承袭衍圣公的爵位。孔玠是靖康二年随伯父孔端友一起从曲阜南逃的。

所以在南宋/金朝初期，衢州和曲阜的南北两支衍圣公，都是北宗“衍圣公”孔端操的后代。北支“衍圣公”孔璠是孔端操的次子，南支衍圣公孔玠是孔端操的第四子。

到元朝灭亡南宋、南北中国重新统一时，南宗传到了第八世衍圣公孔洙，也没有儿子。于是过继了非常远的远支宗亲孔思许为嗣。孔思许的六世祖叫孔端问，跟孔端友、孔端操是一辈的，但不是亲兄弟，甚至也不是堂兄弟，已经隔了五世。再往上追溯五世，孔端问的高祖父孔勗，跟孔端友、孔端操的高祖父孔宜是亲兄弟，都是孔氏“中兴祖”孔仁玉的儿子。所以孔洙过继来的这个嗣子，在血缘关系上与他是非常远的，相隔了十一世。

由于孔洙向元朝朝廷辞让了衍圣公的爵位，因此孔思许没有爵位，他和他的嫡长后代只是孔氏南宗的族长。直到明朝正德年间，才授予这一支“世袭五经博士”一职。

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孔氏北宗在金朝灭亡时，也发生过一次很大的爵位世系变动。

金朝末年（1215年），金宣宗命令衍圣公孔元措前往汴京，担任太常博士。孔元措离开曲阜时，让族弟孔元用代管曲阜祭祀之事。孔元用的祖父叫孔端立，与孔端友、孔端操是叔伯兄弟。

1220年，蒙军占领山东，木华黎让孔元用“权袭封衍圣公”。1224年南宋曾短时间收复山东一带，南宋朝廷也封孔元用为衍圣公。1225年，蒙军第二次攻陷山东，孔元用投降蒙军，蒙军大将带孙（木华黎之弟）再次封其为衍圣公。

也就是说，此时有四支、三位衍圣公并存： 南宋衍圣公：孔万春 金朝衍圣公：孔元措 南宋临时册封的北宗衍圣公：孔元用 蒙古衍圣公：孔元用

1226年，孔元用带兵随蒙军攻打青州（金朝红袄军首领、南宋京东路镇抚副使李全当时据此抗蒙），被打死在青州城下，其儿子孔之全继承了北宗（蒙元）的衍圣公爵位。

金朝天兴元年十二月（1233年初），金哀宗放弃汴京，逃往蔡州。汴京开封守将崔立把金国太后、皇后、梁王、荆王及诸妃嫔装了三十七辆大车，连同完颜皇族宗室男女五百多人，一道运往开封城外南郊的青城，送给蒙军。蒙将速不台下令在青城就地杀死完颜氏皇族的男眷，将金朝皇族女性皆送往哈拉和林供将士们淫乐蹂躏。衍圣公孔元措当时在汴京当太常卿，也在崔立献出的这批俘虏里。押解北上。在耶律楚材建议下，窝阔台命令孔元措回到曲阜，依然袭封衍圣公。

孔元措回到曲阜后，其族侄孔之全的衍圣公爵位被取消，北宗只剩下一位衍圣公孔元措。

孔元措也没有儿子，1251年死后，以弟弟孔元綋的孙子孔浈继承爵位。孔元用的孙子孔治觊觎衍圣公的爵位，上书元宪宗蒙哥，说孔浈是李家的儿子，没有资格继承衍圣公（孔浈的母亲是妾，父亲孔之固死后，与其母亲一道被嫡母赶出家门，其母再嫁给李氏）。孔氏家族的内斗令蒙哥很反感，1252年下令剥夺了孔浈的衍圣公爵位，同时不再任命新的衍圣公，等于废除了这个爵位。

元朝灭南宋后，南宗衍圣公孔洙辞让爵位。元世祖忽必烈虽然同意这一行为，但是并没有恢复北宗衍圣公的爵位。一直空缺了四十多年。直到元成宗时，孔治在1295年去大都觐见皇帝，元成宗才重新封他为衍圣公。1307年孔治去世，儿子孔思诚袭爵。

此时曲阜孔氏族人上书元廷，说孔思诚不是孔子嫡裔。元仁宗详查孔氏宗谱。此时已经没有孔端操的直系血缘后代来继承爵位了。孔氏南宗虽然有孔思仁、孔思义等人，但他们只是孔端友宗法上的后代，血缘关系非常疏远。

元仁宗上溯到孔元用的父亲孔拂，然后找到孔拂的长子孔元孝的后代孔思晦，以他为孔氏北宗的嫡长，在1316年剥夺孔思诚的衍圣公爵位，转给了孔思晦。孔思晦也就是后来明清曲阜衍圣公，直至今天台湾孔德成、孔垂长一脉的直系祖先。