刘锦棠在左宗棠的严令下，穷追叛军阿古柏的长子伯克胡里部数千里，叛军是越打越少，可始终却不能全歼，转眼就快到俄国边境了，刘锦棠下令追击部队加速前进，绝不让叛军越过俄境。刘锦棠五个月收复南疆，彻底消灭了阿古柏盘踞十余年的根据地，他堪称中国近代军事史上的一个奇才，有西汉战神霍去病之风。   在收复新疆的途中，其中叛军首领阿古柏病逝，次子海古拉被大哥伯克胡里所杀，而阿古柏与海古拉是亲英份子，伯克胡里却是亲俄份子，所以他在逃跑的路上时就已经联系好了俄军，俄军便已经在边境上准备接应他。而伯克胡里非常聪明，他与部下赵老胡互换旗号，而刘锦棠部穷追猛打的一部其实是赵老胡一部的，而他却在赵老胡与西征军全军覆没时，趁刘锦棠不注意，由精锐力量护送直奔俄境。   董福祥料想还是疏忽了，可已经来不及了，伯克胡里的骑兵的快马已经直冲进了俄国境内，俄军派了一支部队正在接应他。而到了俄国董福祥也不敢再追击了，潘义宗是神枪手，他准备远距离射杀伯克胡里，但这个后果跟踏入俄境杀敌是一样的，会让俄国找到军事进攻的理由；正当潘义宗准备开枪时，刘锦棠来了。虽然伯克胡里的残部确实是逃了，这也是没有办法的事。但收复新疆的战斗就这样结束了，如今只剩俄国占领的伊犁。一年多的征战，刘锦棠总算是可以让部队好好的休整了。   很快在新疆的西征军得到了朝廷的犒赏，刘锦棠因战功卓著被封二等男爵，旋授通政使；官居正三品；而这个封赏显然是低了，新疆帮办金顺在刘锦棠的协助下打了几仗，都被封了伊犁将军；但刘锦棠没有怨言，他在左宗棠的支持下，做收复新疆的善后工作，他从入疆一年多以来，看到了新疆各处的城池残破，官无衙署，民无居室，渠道淹废，田园荒芜。为了尽快恢复民生，刘锦棠很便设立了一个善后局，善后局的重要任务集流离失所的农民，将被阿古柏匪徒胁行的人民遣返原籍，给种子、发农具，部队帮助其开垦，使能够迅速恢复生产。   而新疆干旱少雨，他又带头组织农民修复渠道、挖坎儿井；官兵也被派往各处参加兴修农田设施的劳动；这些措施，保证了南疆各地农业生产的恢复；人们衣食有了着落，新疆各族人民也就日趋安定了。之后刘锦棠废除了南疆落后的伯克制；取而代之的是清朝的州县制，他敢作敢为，为以后的新疆建省、改郡县做准备，因刘锦棠在新疆所做的贡献，各族军民视其为保卫边疆的“西北长城”。   而左宗棠也在想办法找寻一些适合新疆恢复经济的作物，突然有官员向他提议种棉花。这时，左宗棠才得知俄军收容了伯克胡里，这个消息对于他来说是很大的打击！接下来就看他如何应对了；