新疆，古称西域，公元前60年，西汉中央政权在西域（今新疆）设立西域都护府，自此新疆便已成为中国不可分割的一部分，此后历经千年，经历过唐朝在此屯田，设置安西，北庭都护府管辖天山南北，唐朝在此驻军多达6万，随着明末清初，明清争夺中原统治权，无暇顾及边疆，漠西蒙古族的一支趁机在新疆建立地方政权—准格尔汗国，但随着清朝入主中原后，随着内地统治稳定后，清朝统治者便开始以统一中国为己任
于此同时，准格尔部(漠西卫拉特蒙古族一支)在其首领葛尔丹的带领下于公元1676年打败卫拉特盟主齐尔图汗，把当时松散的联盟变为权力垄断的汗国，同时葛尔丹也加快新疆南北统一的步伐，并越过杭爱山大举进攻漠北诸部，葛尔丹的军事行为同时也引起了康熙皇帝的注意，这与以统一中国为己任的清朝统治者初衷相违背，因而准格尔与清朝的军事冲突势在必行。
注 ：顺治三年，卫拉特各部首领联名归顺清朝，确定主权关系，因而葛尔丹对抗清朝属叛乱
军事对抗公元1680年，清朝与准格尔在漠北对峙，康熙皇帝组织左右两路大军亲征，葛尔丹溃逃。
1716年，准格尔再次在西藏与清朝发生战争，历经三年赶走准格尔。
这场百余年的军事对抗，随着准格尔内乱，乾隆皇帝乘机出兵 击败达瓦齐军，并于1757年平定阿睦尔纳叛乱而结束。
新疆建制背景：随着准格尔部消亡，南疆大小和卓乘机做大，并随后叛乱，清政府为了花费了大量人力物力才平定叛乱。介于上述诸多原因，因而乾隆皇帝对新疆实行建制，同东北地区一样实行由将军管辖。
内容：设立伊犁将军，作为清政府在新疆的最高军政长官，节制南北两路，统辖外夷部落，操阅营伍，广辟屯田。
1.北疆实行同内地一样的州县制
2.南疆则实行伯克制，即由当地少数民族管理
但随着西方资本主义国家对清朝连续发动侵略，先是用鸦片作为摧残中国人的肉体，而后对当时的清政府发动战争，清政府内部也发起了洋务运动，但终归因其局限性而失败，而北方的沙俄乘机出兵打劫强迫清政府签订一系列不平等条约，强占中国东北，西方多大150多万领土，新疆西北边防日益严重，介于当时清政府内乱以及邻国势力入侵，，同时新疆又受到英俄势力渗入，使得新疆局势失控，中亚浩罕国陆军司令阿古柏在英国的支持下乘机入侵新疆，自立为汗，对新疆实行殖民统治。
清政府内部因而形成海防派和边塞派，在陕甘总督左宗棠等人的积极推动下，清政府决心派军队收复新疆，因而左宗棠制定出收复新疆的战略方针——“先北后南”、“缓进急战”的战略，历经1年多时间，清政府相继收复新疆（除沙俄侵占伊犁），此后经过谈判又相继收复伊犁，介于 内忧外患严重之际，左宗棠创议建行省，以安定刚刚收复的新疆，清政府于公元1884年发布建行省。
1. 全省军政事务由巡抚统领 ， 全疆分为镇迪、阿克苏、喀什噶尔、伊塔4道。下辖6府、10厅、3州、23县。
2.伊犁将军领满、索伦、锡伯、察哈尔、厄鲁特营和哈萨克，柯尔克孜等诸部，兼办中俄交涉，节制伊塔事务
总结 至此新疆与内地各省行政制度趋归划一，也促近了新疆与内地各族人民的政治，经济文化交流，维护了中华大一统。即使在今天的高科技时代，新疆的地缘优势依然对中国起着重要作用。资料参考 《清史稿》 以及其他文学作品
