1648年（清顺治五年）7月30日，从兰州溃围而出的甘州回变军在靖远以北20余里处的水泉被清军追上 ， 激战中首领米剌印被清军打死。

米剌印死后，回民军残部由另一个首领丁国栋率领退回甘州，据城固守。清军围攻甘州城数月，久攻不克，陕甘总督孟乔芳费尽心机，方法用尽，亦无法破城。正在进退两难之际，山西南部的原明朝官员纷纷反正，反清势力突起，攻城拔寨，诛杀清朝官吏，孟乔芳与侍郎额赛、提督傅夸蟾等奉命率领部分清军精锐，赴山西平叛，围攻甘州的清军兵力大减，攻势也日渐减弱。

甘州回军与清军相持到次年（1849）2月， 率部来援的汉中总兵南一魁轰塌西门攻入城内，游击张勇督军攻破西南门，入城后沿街搜杀至东门，甘州陷落。丁国栋、黑承印带领回军余部趁乱逃出城去，后辗转移往肃州（今甘肃酒泉）。

回军残部退到肃州后，新疆哈密、吐鲁番维吾尔族民众纷起响应。丁国栋等拥立哈密巴拜汗之子土伦泰为王。大批维吾尔暴动军闻风开至肃州。丁国栋重整旗鼓，组织、训练兵马，设置官职，挖筑深壕高垒，加固城守，修葺各种防御工事，以作长期据守的打算。

没多久，清军大举袭来，回军、维军破围东下，一时间“关内外诸回蜂起应之，据城拒守”，“雍凉复振”？《圣武记 .国朝甘肃再征叛回记 》。

清军游击（已晋升总兵）张勇、副将马宁率军驰至肃州,双方旋即展开激战 。回军与清军几番较量，到12月，清军发起猛攻，大批兵勇不惧伤亡，架云梯攀援而上，部分身手矫健者奋死登城，杀散回众，开门放大军攻入城内，在残酷而血腥的巷战中，暴动回军几乎被击杀殆尽。据新任甘肃巡抚周文烨向清廷奏报说：

“丁国栋、黑承印等盘踞肃城，总兵张勇、副将马宁分兵夹攻，擒国栋、承印，斩首五千余级，肃州平” 。《甘宁青史略正编》

甘州回民暴动军首领丁国栋、黑承印被清军擒斩，5000余叛回被灭杀，肃州平定。《甘宁青 史略正编》还记载：

“（清军） 斩哈密伪都督和卓哈资、缠头回（蒙古族穆斯林教徒）伪都督琥珀峰哈拉、伪都督茂什尔玛密、辉和尔（回鹘）伪都督瑺瑚離 、伪左都督帖密普剌、红帽回（畏吾儿）伪都督斯克特默等 ” 。

至此，发生于清顺治年间的甘肃米剌印回民暴动最终彻底失败。这次遍及甘肃、新疆二地的回民暴动自1648年4月开始，到1649年12月被清军剿灭，历时1年零9个月。

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