1966年，罗瑞卿被隔离审查，总参的日常工作交由杨成武和叶剑英主持，而总参党委工作则交给了李天佑负责。

李天佑上任不久，总参机关就受到了冲击，为了挽救一些被无端牵连的干部，李天佑多次仗义出面解决问题。

然而，李天佑的努力大多付诸东流，甚至只换来了一句“请配合”的回复，这让李天佑十分苦恼。

随着运动的进一步扩大，“武斗”行为越来越多，李天佑成了救火队长，只要发生冲击事件，李天佑就要亲自赶去解决。

针对这种现象，李天佑认为有必要加强武器装备管理，防止军队中发生混乱，进而引发更严重的后果。

在李天佑指示下，各军区都制定了相应的管理政策，得益于李天佑的正确领导，军队情况基本稳定了下来。

还没等李天佑松口气，干部审查范围进一步扩大，一些干部家属开始受到牵连，李天佑不得不想尽办法予以安置。

领导干部纷纷被打倒，许多工作陷入瘫痪，李天佑愁地睡不着觉，每天盯着地图思考，生怕国外军事力量在此时进犯。

经过与作战部人员商讨，李天佑制定了一份改造边区战备的方案，并获得中央军委和毛主席的批准。

繁重的工作和精神上压力，给李天佑的身体健康造成了恶劣的影响，李天佑不得不躺在办公室的床上办公。

这种工作状态加重了李天佑的病情，也影响了总参的工作，李天佑经受不住折磨，在之后的几次会议上作了违心的发言。

1970年初，李天佑被迫离开了工作岗位，在移交工作之前，李天佑最后主持召开了一次工作会议，传达了周总理的意见。

八一建军节到来之际，李天佑拖着病重的身体参加了招待会，谁也不会想到，这竟然成为李天佑最后一次公开露面。

这年9月，李天佑决定放弃治疗，目的是为了不浪费国家资源，医护人员听后纷纷落泪，56岁的李天佑就这样离开了人世。

李天佑病逝以后，全国的形势依然非常严峻，林彪反革命集团为了夺权，开始暗中筹划谋害毛主席。

所幸的是，中央最终成功粉碎了林彪反革命集团，林彪选择乘坐飞机出逃，结果飞机坠毁在外蒙古。

“九一三事件”的发生，在党内引起了轩然大波，一些干部来到李天佑家中探望时，对李天佑的儿子李亚宁说：

“放宽心，对你父亲今后的声誉而言未必是坏事，你父亲要是没有死，恐怕也会受到牵连，搞不好会成为林彪反革命集团的第6位主犯。”

这番话并非空穴来风，从红军时期开始，李天佑就是林彪的下属，甚至一度受到林彪的器重。

李天佑与林彪的革命履历高度相似，抗战初期，林彪前往苏联治病，李天佑被派往苏联伏龙芝学院进修。

解放战争中，林彪被派往东北领导东北民主联军，而李天佑学成归国后，也被派去东北工作，再次成为林彪的属下。

值得一提的是，李天佑在东北工作期间，还救过林彪的性命，东北野战军中的高级干部，都称李天佑是林彪的爱将。

在林彪出事以前，李天佑与其他将领一样，十分敬重林彪，如果“九一三事件”发生时，李天佑还活在人世，那么这些经历恐怕会被别有用心之人利用。