如何选择应该是分为不同的情况，根据个人的自愿选择也不同。

1.39岁在乡镇担任副职，年龄不能说很有优势，但是如果本人已经接近正职，比如党委副书记、纪委书记的话，这个年龄在乡镇还是大有可为的。

2、三级主任科员实际上就是套改的职级，就是说两年后你有资格晋升二级主任科员，但是仅仅是有资格，收比例和其他因素限制，不是一定会晋升。

3、如果你39岁刚进入副职序列，本人排名并不靠前，且本乡镇设置的副科级职位较多，可以参照前人提拔的时间线，预测自己的时间线。

4、家庭因素同样是需要考虑的问题，39岁应该是家庭孩子未成年的时间段，由于个人家庭情况不同，这个只能酌情自己选择。

5、乡镇的工作的来说，工作杂、任务重、压力大，县直单位来说，工作单子，任务较清，压力不大。但是发展的话比起乡镇肯定缓慢。在县直走向一把手的概率微乎其微。

总的来说，任何选择并无定论，因人而异，根据自己的实际情况和个人意愿进行选择，各有利弊。