两年分居离婚申请的方式：若双方能协议离婚的，可订立离婚协议，并共同向婚姻登记机关提出离婚登记申请，经过三十天冷静期，即可领取离婚证。若夫妻不能协议离婚的，可提供相关证据证明双方感情破裂，向法院起诉离婚，法院经调解无效，且确认感情破裂的，应准予离婚。【法律依据】《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：（一）重婚或者与他人同居；（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；（四）因感情不和分居满二年；（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。