法律分析：

视情况而定。存疑不起诉不会留下案底，案底只能由人民法院依法判决，如果确实构成犯罪的，人民法院判决生效以后会有案底；存疑不起诉说明行为人并未被法院定罪，也就是无罪之人，自然没有案底的。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百七十五条犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。