法律分析:

1.建议业主应在招投标阶段将指定分包内容明确化，业主招标文件不明确时应及时提出咨询。应在总承包合同条款中详细约定指定分包工程的具体内容，明确承、发包双方的权利义务和相关费用的收取方法。

2.总包合同中，总包承包范围、工程工期等方面尽可能约定不包含指定分包工程内容。

3.作为总承包人，应尽量避免与指定分包人签订指定分包合同，争取使发包人与指定分包人直接签订指定分包合同，使指定分包工程变为总包合同外工程。

4.若必须与指定分包人签订指定分包合同的，争取签订包括发包人、指定分包人在内的三方协议，约定总承包人仅履行总包管理之责，付款义务在发包人一方。

5.应保存好施工过程中与指定分包人之间的往来函件、签证、会议纪要等原始书面的证据资料。

6.在指定分包工程的工程款经过总包帐户情形下，指定分包合同中还可明确约定，总承包人支付指定分包人工程款应以总承包人收到发包人的该部分工程款为前提条件，若指定分包人在不具备该前提条件的情况下，以任何形式向总承包人主张工程款均视为违约，应承担一定数额的违约金。

法律依据:

《中华人民共和国民法典》第七百八十八条建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。