医保断交三个月年限不会清零。根据规定，城乡居民基本医疗保险参保人员可以因个人原因申请停保，但每年停保累计不超过6个月。如果停保时间超过6个月，已经缴纳的个人账户储备金和累计补助资金将被清零，需要重新缴费并重新办理参保手续，年限也需要重新计算。个人补交医保流程如下：1、如果是城镇户籍居民，可以拿身份证、户口本、失业证、数码照片回执、银行存折等资料自行前往当地的社保经办机构来补缴医保，按照核定的数额来缴费即可；2、如果是农业户籍人口，可以携带相关资料到户籍地村委或社区居委会申请补缴新型医疗保险。综上所述，不同地区的医保政策和实施情况可能存在差异，具体规定还需参考当地医保政策和实施情况。在实际操作中，建议参保人员在申请停保前，先了解当地的规定和操作流程，以避免因不了解规定而导致的不必要的麻烦和费用支出。【法律依据】：《中华人民共和国社会保险法》第二条国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。