工程合同纠纷诉讼时效如下：

一、工程合同纠纷诉讼时效：建设工程不同部位质量缺陷纠纷案件诉讼时效

1、工程质量缺陷不适用“出售质量不合格的商品未声明的”一年的短期时效，而适用一般诉讼时效为二年。

2、施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议，其诉讼时效自阶段质量验收发现缺陷或阶段质量验收未通过时起算；如质量缺陷争议已委托鉴定的，自鉴定单位出具鉴定意见后二年。

3、如合同约定发包人提出质量缺陷主张有除斥期间的，发包人在除斥期限届满未主张即丧失诉讼时效。发包人未经竣工质量验收或验收不合格便擅自使用工程，丧失主张一般部位和重要部位的诉讼时效，司法解释第13条对此有明确的规定。

4、工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效根据工程不同部位的最低保修年限而定：

(1)工程一般部位即一般土建、装修和管道工程的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少2年的保修年限后二年；

(2)工程重要部位即有防水要求的屋面、墙面、卫生间的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少5年的保修年限后二年；

(3)工程主要部位即地基基础和主体结构的保修责任，诉讼时效根据工程设计的不同结构形式而定：农村的砖木结构的房屋为不少于设计年限30年后二年；城市的砖和混凝土结构的房屋为不少于设计年限50年后二年；城市的钢筋混凝土结构的房屋为不少于设计年限70年后二年，上述案件法律据此受理完全正确；城市的钢结构房屋为不少于设计年限100年后二年。

5、对承包人在缺陷责任期内应保修而未保修的责任，发包人的诉讼时效为缺陷责任期届满后二年。程款纠纷案件有关确认时效和返还时效的特殊性

二、工程合同纠纷诉讼时效：建设工程合同工程价款纠纷涉及确认时效和返还时效

1、承包人主张预付款、进度款，其诉讼时效为按合同约定的支付期限提出付款要求后二年。

2、承包人主张工程结算款，其诉讼时效自工程通过工程竣工质量验收、承包人提交竣工结算报告后二年，为发包人工程价款的确认时效，如工程价款结算已经确定，自确认之日后二年为承包人的返还时效，如承包人送出工程价款结算报告，发包人在二年未确认结算款，承包人的返还时效最长为4年。

3、承包人主张签证、索赔增加的工程款，诉讼时效为提交签证、索赔资料后二年；如合同约定除斥期间的，除斥期间届满，当事人丧失时效。

三、建设工程合同工期涉及诉讼时效的相关问题

1、工期为工程开工至竣工的期间。工程开工，分为计划开工日期(指合同约定的开工日期)和实际开工日期(指工程符合开工条件，承包人提请开工报告，发包人下达的开工通知或开工令载明的开工日期。由于符合开工条件主要指发包人已获得主管部门的施工许可证，故，实际开工日期通常会比合同约定的开工日期晚。)工程竣工，是指工程合同约定的承包范围由施工图纸所载明的工程内容已经完工，竣工也有计划竣工日期和实际竣工日期的区别，合同计划开工日期顺延，计划竣工日期相应顺延。

2、在施工过程中承包人要求工期顺延，或施工合同约定有形象进度节点工期的，发包人主张节点工期延迟，诉讼时效为当事人提出工期顺延或工期迟延签证申请后二年，如工期争议涉及工程质量缺陷的，诉讼时效为质量缺陷鉴定出具意见后二年。

3、工程竣工后，发包人主张承包人逾期竣工，诉讼时效为工程实际竣工之日后二年，如合同约定发包人提出逾期竣工主张有除斥期间的，除斥期限届满丧失时效。

【本文关联的相关法律依据】

《中华人民共和国民法典》

第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

第一百八十九条当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。

第一百九十二条诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。

诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。

第一百九十三条人民法院不得主动适用诉讼时效的规定。