(一)股权转让协议和增资协议的合同当事人虽然都含有公司的原股东及出资人，但从协议价金受领的情况看，股权转让协议和增资协议中出资人资金的受让方是截然不同的。股权转让协议中的资金由被转让股权公司的股东受领，资金的性质属于股权转让的对价;

而增资协议中的资金受让方为标的公司，而非该公司的股东，资金的性质属于标的公司的资本金;

(二)股权转让协议和增资协议支付价金一方的当事人对于标的公司的权利义务不同。股权转让协议中，支付价金的一方在支付价金取得了公司股东地位的同时，不但继承了原股东在公司中的权利，也应当承担原股东对公司从成立之时到终止之日的所有义务，其承担义务是无条件的;

而增资协议中支付价金一方的投资人是否与标的公司的原始股东一样，对于其投资之前标的公司的义务是否承担，可以由协议各方进行约定，支付价金的一方对其加入该公司前的义务的承担是可以选择的;

(三)从出资后，标的公司的注册资本的变化看，股权转让协议签订后，出资人履行义务完成时标的公司的注册资本是保持不变的，仍然为原数额。

而增资协议签订后，标的公司的注册资本发生了变化。

一、有限公司转让注意事项

1、调查了解清楚公司股权结构、公司业务和财务状况，公司是否负有债务或诉讼纠纷等不利条件。

2、调查了解转让方的股权是否有瑕疵，即原股东是否足额缴纳认缴资本，原股权是否设定有质押或者其它股份权利限制，原股东是否有权处分股权等。

3、股权转让协议中要明确股权转让价格、支付方式以及公司股权交割时间、移交事项，公司原有债务的披露和分担等。

4、明确《股权转让协议》生效后变更股东名册、修改公司章程及到工商部门办理变更登记手续的时间和具体责任。

5、《股权转让协议》生效时间不同于股权转让生效时间，只有受让人变更成为股东名册和公司章程中的股东，股权转让行为才算生效。除此之外还需要到工商部门办理股东变更登记，这样才能起到公示作用，方可对抗第三人。