法律分析：在公司犯罪调查程序中，处罚应该根据公司内部规章制度和法律法规来进行。首先，公司应该建立严格的内部规章制度，包括对员工行为的规范和处罚措施的明确规定。其次，公司应该遵守相关法律法规，如《刑法》、《公司法》等，依法依规进行调查和处罚。

法律依据：

1.《公司法》第七十六条：公司应当依法建立健全内部管理制度和规章制度，并严格执行。

2.《刑法》第三百条：单位犯罪的，以单位刑事责任追究。

3.《最高人民法院、最高人民检察院关于办理公司犯罪案件适用法律若干问题的解释》第四条：公司在管辖范围内有犯罪行为的，应当依法追究刑事责任。

综上所述，公司在犯罪调查程序中，应当严格遵守内部规章制度和相关法律法规，对犯罪行为进行调查和处理，对责任人进行相应处罚。